很多企業的自然人股東發生變更往往忽視事前的一些稅務籌畫， 下面我們對一些常見的問題進行詳細解析。
一、什麼是股權轉讓
股權轉讓是指自然人股東將投資于中國境內企業（不包括個人獨資企業和合夥企業）的股權或股份轉讓給其他個人或法人的行為。
二、股權轉讓如何計算
自然人股東轉讓股權， 因以股權轉讓收入減除股權原值和合理費用後的餘額為應納稅所得額。
不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額， 按“財產轉讓所得”繳納個人所得稅。
其中， 合理費用是指股權轉讓時按照規定支付的有關稅費。
股權原值是如何確定呢？
在中小企業中常見的有以下兩種情況：
（1）以現金出資方式取得的股權， 按照實際支付的價款與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值；
（2）以非貨幣性資產出資方式取得的股權， 按照稅務機關認可或核定的投資入股時非貨幣性資產價格與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值。
下面我們來舉個例子說明， 讓大家的印象更加深刻。
例1、A公司股東王某先生持有該公司的25%股權（股東約定認繳現金資本300萬元， 王先生占25%應出資75萬元）， 2017年5月12日以100萬元轉讓給黃女士， 轉讓時發生手續費、服務費合計一共5萬元， 2017年5月31日《資產負債表》列報：所有者權益100萬， 其中實收資本0元， 未分配利潤100萬元。 王先生應繳納個人所得稅=（100+100-75-5）*20%=24萬元， 該筆費用應由A公司實行代扣代繳。 本案中， 未分配利潤盈利100萬元是不得扣除的。
在實際工作中許多會計往往會忽視資產負債表中留存收益（包括盈餘公積和未分配利潤）的金額，
在目前的註冊資本實行認繳制下， 經常出現股東未完成全部出資義務就轉讓股權的情形， 對這類股權轉讓如何核定轉讓收入？有些企業的會計想出了以極低的價格甚至是0元來逃避繳納個人所得稅，
其實這樣的想法是非常危險的， 稅務局早有明文規定， 符合下列情形之一的， 主管稅務機關可以核定股權轉讓收入:
（1）申報的股權轉讓收入明顯偏低且無正當理由的；
（2）未按照規定期限辦理納稅申報， 經稅務機關責令限期申報， 逾期仍不申報的；
（3）轉讓方無法提供或拒不提供股權轉讓收入的有關資料；
（4）其他應核定股權轉讓收入的情形。
例2、承接例1， 假設王先生認為實繳資本沒有到位， 實收資本是0元， 他以0元的價格轉讓給黃女士， 這樣就無需繳納個人所得稅。
主管稅務機關認為對於王先生本次轉讓的股權應核定其轉讓收入徵收個人所得稅， 王先生以0元的價格轉讓其所有股權，
關於股權轉讓的收入， 可以採用淨資產核定法， 即股權轉讓收入按照每股淨資產或股權對應的淨資產份額核定。 本案中， 王先生轉讓的股權對應的淨資產份額25萬元（100萬元*25%）核定其股權轉讓收入。
關於取得股權的原值， 對於以現金出資方式取得股權， 按照實際支付的價格和取得股權直接相關的合理費用之和確認個人轉讓股權的原值。 本案中王先生認繳出資75萬元（300萬元*25%=75萬元）取得相應股權， 但因其出資額並未實際到位即實繳出資為0元，也即取得股權時實際支付的價款為0元，因此其所轉讓股權的原值為0萬元。
綜上所述，應納稅所得額=100*25%-5=20萬元，應交個人所得稅=20*20%=4萬元。
所以企業在更換自然人股東的時候該交的個人所得稅還是要交的，避免少交而帶來不必要的罰款。
但因其出資額並未實際到位即實繳出資為0元，也即取得股權時實際支付的價款為0元，因此其所轉讓股權的原值為0萬元。綜上所述，應納稅所得額=100*25%-5=20萬元，應交個人所得稅=20*20%=4萬元。
所以企業在更換自然人股東的時候該交的個人所得稅還是要交的，避免少交而帶來不必要的罰款。