新疆有2條國際性河流：額爾齊斯河與伊黎河。 這就使新疆的魚有了自己的獨特性。
1、額爾齊斯河白斑狗魚（喬爾泰）
喬爾泰學名白斑狗魚， 分佈于亞洲、歐洲和北美， 在我國僅產于新疆北部額爾齊斯河流域， 是生活在寒冷地帶河川湖泊中的冷水系珍稀特有魚類， 一直被中亞各國視為魚中“軟黃金”。 屬肉食性兇猛魚類， 其肉質鮮美， 蛋白質含量較高， 是當地老百姓喜食的水產品。
2、塔里木河大頭魚（扁吻魚）
新疆大頭魚是世界裂腹魚中的珍貴物種， 起源於3億年前， 有著古魚類活化石之稱。 僅一屬一種， 在世界上僅存於塔里木水系，
3、新疆裸重唇魚（Gymnodiptychus dybowskii）
冷水性魚類。 生活在大江和河川的急流中， 有時也遊至附屬的靜止水體內。
4、赤鱸又名河鱸， 俗稱五道黑。
因其體側有5條較寬的橫跨體背的斑帶而得名。 五道黑廣泛分佈于歐洲及亞洲北部冷溫帶， 在我國僅產于新疆額爾齊斯河與烏倫古河流域。 味道極其鮮美， 肉又特別嫩， 名菜“大盤五道黑”香滿巴音郭楞。
5、東方歐鯿
原產於歐洲， 故又稱為歐洲鯿。 1963-1965年相繼進入新疆的伊、額兩河。 1968年被移植到福海湖， 1979年相全自治區各地移植。 近幾年來， 東方歐鯿在新疆全區大量養殖， 東方歐鯿肉質肥厚嫩鮮美， 生長快、食性雜、耐寒、耐鹽、耐鹼、耐缺氧， 極適合於我國北方地區的水域環境。
6、裸腹鱘
裸腹鱘俗名“ 鱘鰉魚” ， 原產黑海、裡海及鹹海流域， 前蘇聯在1933-1934年將其引入巴爾喀什湖， 現我國境內的伊黎河裸腹鱘已瀕臨滅絕， 到2000年， 每年打撈的裸腹鱘不足20尾。 裸腹鱘是少有的軟骨類魚種， 屬《瀕危野生動植物種國際貿易公約》二級保護動物， 被專家們譽為“動物活化石”。
7、吐魯番魚歲魚
吐魯番盆地特有的魚類。喜棲息于溶氧量高、水溫較低的流水中。個體較小，可食用。分佈于新疆吐魯番盆地。
8、北極茴魚
產在阿勒泰額爾齊斯河流域，喜歡生活在冷水中底層，其肉極為鮮美，在阿勒泰地區常可吃到這種魚。茴魚肉質鮮美，為名貴的食用魚類，但數量不多，未形成一定的捕撈量。但當地漁民多在洄游期進行捕撈，捕撈強度過大，使原來就不多的資源量顯著下降。
9、湖擬鯉（Rutilus rutilus lacustris）
主要分佈于歐洲，亞洲東部見於俄羅斯西伯利亞鄂畢河至勒拿河和我國新疆額爾齊斯河和博斯騰湖。湖擬鯉在俄羅斯是重要的捕撈物件，大部分是春、秋兩季在此魚游向近岸時加以捕撈，可供養殖。
10、赤梢魚
廣泛分佈於歐洲，中國僅產于新疆的伊黎河和額敏河，可考慮適當移植。此魚肉瘦少脂肪，一般製成鹹魚供食用。
11、塔里木裂腹魚（Schizothorax (Racoma) biddulphi）
棲息在高原地區的河流中。塔里木河特有的經濟魚類。冷水性魚類，生活於河流流水及湖泊環境。肉味鮮美，深受當地群眾所喜愛，曾是產地的主要經濟魚類。由於引種等人為影響，其資源日趨枯竭，現已十分稀少.
12、高體雅羅魚
新疆特有經濟魚類，在我國僅分佈于新疆的額爾齊斯河流域，地方名“中白魚”。該魚個體較大，銀灰色體表上配有紅色鰭條，體形優美，肉質鮮嫩，有特殊清香味，生長較快，雜食偏草食性，是非常優良的養殖新品種。
13、長頜白鮭
生長在我國新疆額爾齊斯河的下游，個體較大,每年的秋季從俄羅斯境內的額爾齊斯河的下游逆流而上進入我國產卵，產出的卵順流而下進入俄羅斯境內的額爾齊斯河中,第二年即長成為兇猛肉食魚類.
北鮭為我國一種冷水性淡水名貴底層魚類,肉味鮮美,含脂量高,魚仔可製成魚仔醬,是一種名貴食用魚類.80年代以後,北鮭已極為罕見,在我國幾乎近於滅絕。
14、歐鯰（歐洲六須鯰）
全長3米，須3對。胸鰭刺強。兩頜具有多列細尖齒,體色隨生活環境不同而有較大變化.原產於瑞典東部湖泊，在我國近年僅見于新疆伊黎河。肉食性，以魚、蝦、幼蛙和軟體動物為食。可惜，在我國它還沒長大就被捕撈完了。。。
15、黑鯽
分佈於歐洲及我國新疆額爾齊斯河水系。喜生活于水草叢生的靜水處，雜食性，生長速度較慢。肉質細嫩、味美，為額爾齊斯河流域天然經濟魚類。
16喀納斯湖的巨魚-----哲羅鮭
哲羅鮭多分佈於我國境內的黑龍江、圖們江、額爾齊斯河等水系。傳說喀納斯湖怪就是這種魚。
17、九道黑（學名不詳）
7、吐魯番魚歲魚
吐魯番盆地特有的魚類。喜棲息于溶氧量高、水溫較低的流水中。個體較小，可食用。分佈于新疆吐魯番盆地。
8、北極茴魚
產在阿勒泰額爾齊斯河流域，喜歡生活在冷水中底層，其肉極為鮮美，在阿勒泰地區常可吃到這種魚。茴魚肉質鮮美，為名貴的食用魚類，但數量不多，未形成一定的捕撈量。但當地漁民多在洄游期進行捕撈，捕撈強度過大，使原來就不多的資源量顯著下降。
9、湖擬鯉（Rutilus rutilus lacustris）
主要分佈于歐洲，亞洲東部見於俄羅斯西伯利亞鄂畢河至勒拿河和我國新疆額爾齊斯河和博斯騰湖。湖擬鯉在俄羅斯是重要的捕撈物件，大部分是春、秋兩季在此魚游向近岸時加以捕撈，可供養殖。
10、赤梢魚
廣泛分佈於歐洲，中國僅產于新疆的伊黎河和額敏河，可考慮適當移植。此魚肉瘦少脂肪，一般製成鹹魚供食用。
11、塔里木裂腹魚（Schizothorax (Racoma) biddulphi）
棲息在高原地區的河流中。塔里木河特有的經濟魚類。冷水性魚類，生活於河流流水及湖泊環境。肉味鮮美，深受當地群眾所喜愛，曾是產地的主要經濟魚類。由於引種等人為影響，其資源日趨枯竭，現已十分稀少.
12、高體雅羅魚
新疆特有經濟魚類，在我國僅分佈于新疆的額爾齊斯河流域，地方名“中白魚”。該魚個體較大，銀灰色體表上配有紅色鰭條，體形優美，肉質鮮嫩，有特殊清香味，生長較快，雜食偏草食性，是非常優良的養殖新品種。
13、長頜白鮭
生長在我國新疆額爾齊斯河的下游，個體較大,每年的秋季從俄羅斯境內的額爾齊斯河的下游逆流而上進入我國產卵，產出的卵順流而下進入俄羅斯境內的額爾齊斯河中,第二年即長成為兇猛肉食魚類.
北鮭為我國一種冷水性淡水名貴底層魚類,肉味鮮美,含脂量高,魚仔可製成魚仔醬,是一種名貴食用魚類.80年代以後,北鮭已極為罕見,在我國幾乎近於滅絕。
14、歐鯰（歐洲六須鯰）
全長3米，須3對。胸鰭刺強。兩頜具有多列細尖齒,體色隨生活環境不同而有較大變化.原產於瑞典東部湖泊，在我國近年僅見于新疆伊黎河。肉食性，以魚、蝦、幼蛙和軟體動物為食。可惜，在我國它還沒長大就被捕撈完了。。。
15、黑鯽
分佈於歐洲及我國新疆額爾齊斯河水系。喜生活于水草叢生的靜水處，雜食性，生長速度較慢。肉質細嫩、味美，為額爾齊斯河流域天然經濟魚類。
16喀納斯湖的巨魚-----哲羅鮭
哲羅鮭多分佈於我國境內的黑龍江、圖們江、額爾齊斯河等水系。傳說喀納斯湖怪就是這種魚。
17、九道黑（學名不詳）