《奇葩大會》第二季在4月7日播畢第10期節目後， 於4月10日悄然下線。 在愛奇藝官網顯示404無法觀看， 被下架整改， 找不到正片視頻， 只剩下預告和片花可以觀看， 第一季可以照常播放。
而就在前幾天《奇葩大會》經歷了停播整改後，
第二季第11期正片於4月28日週六晚8點在愛奇藝上線，
第1-10期正片也同步恢復上線。
《奇葩大會》第二季複播後， 第10期“科學家種太陽”內容已刪除。
馬東也正面回應了節目下架：“《奇葩大會》這一季， 有一些內容出現了問題， 我們正在全面深刻地反思和整改。 這個問題當時我們可能心生疑惑， 播出以後完全認識到了這是一個嚴重的問題， 我們完全尊重監管機關和平臺對於節目下線整改的勸誡， 而且我們也在努力的整改當中。