全國稅務機關4月底前完成網上辦稅介面開放， 企業財務報表資料格式與納稅申報財務報表資料格式之間的自動轉換。 5月1日起，
一、比對內容更為全面。 1、將增值稅小規模納稅人全面納入申報比對範圍， 實現對增值稅納稅人申報比對的全覆蓋。 2、增加了對增值稅普通發票、代扣代繳稅收繳款憑證、出口貨物轉內銷證明等憑證的比對， 實現對增值稅發票和相關稅收憑證申報比對的全覆蓋。
二、比對規則更為合理。 1、充分考慮營改增後的一些特殊業務， 合理設置比對規則。 如：試點納稅人開具的不徵稅發票， 不計入申報比對。 2、新增“白名單”制度， 將徵收方式、發票開具等業務存在特殊情形且納稅遵從度高的納稅人列入“白名單”管理， 並根據實際情況確定所適用的申報比對規則。 3、根據申報比對管理實際， 合理設置相關比對專案金額尾差的正負範圍。
三、操作流程更為優化。 將異常比對結果轉辦的流程由人工傳遞改為機內流轉， 並根據機內文書審核結果， 由系統判斷是否對納稅人稅控設備進行解鎖，
四、比對提示更為詳細。 納稅人申報比對不符的， 核心征管系統將提示比對不符專案資訊， 若納稅人通過網上申報系統申報的， 核心征管系統將相關比對不符資訊及提示資訊回饋給網報系統。 納稅人根據系統回饋的提示資訊， 排查比對不符的專案和原因， 及時調整申報表資料， 能夠防範錯誤填報風險， 提高納稅申報品質。
金稅三期工程是利用覆蓋全國稅務機關的電腦網路對增值稅專用發票和企業增值稅納稅狀況進行嚴密監控的一個系統。 虛開發票有風險， 偷稅漏稅有風險， 發票報銷有風險， 逾期申報有風險。 這些異常都會被金稅三期發現。 企業長期存在增值稅留抵異常；公司常年虧損， 導致企業所得稅貢獻率異常偏低；公司自開業以來長期零申報；公司繳納的增值稅與附加稅費金額比對異常；企業所得稅申報表中的利潤資料和報送的財務報表的資料不一致；無簡易徵收備案但有簡易計稅銷售額；開票項目與實際經營範圍嚴重不符等這些異常都會被金三發現，