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先天免疫系統在減緩感染的同時， 會啟動人體在近期進化過程中獲得的免疫系統——獲得性免疫系統。 獲得性免疫會針對外來抗原或病原體發生特異的反應， 在初次接觸抗原後， 再次接觸同一抗原時能夠引發更迅速、更強烈的免疫反應， 攻擊外來抗原， 將其清除出體外。 正常的免疫系統有三個重要特點：一是多種多樣的抗原受體庫， 可以識別幾乎無窮無盡的病原體；二是免疫記憶， 可以發起快速記憶性免疫應答， 這就是我們在注射一些疫苗後能夠終生免疫的原因；三是免疫耐受，
所謂“免疫”， 最重要的功能是識別“自我”和“非自我”， 不會對自身組織成分產生免疫反應， 這叫做免疫耐受。 人體通過自身抗原隔離， 使自身組織不能與免疫系統接觸，
因此， 如果免疫系統的功能出現紊亂， 把身體的正常成分當成外來物質後，