天皇在日本人心目中猶如神一般的存在， 這個理由經常被作為幕府不敢取代天皇的原因。 但古代中國也沒少神話自己的皇帝， 然而中國王朝還是頻繁的更替。 如果說幕府時代相對穩定的時期， 天皇存在對幕府將軍影響不大， 在不在沒什麼。 那麼在動盪的日本戰國時期， 天皇窮的連飯都吃不起， 需要別的大名接濟時。 那天皇在百姓心目中還是那個神明一樣的存在嗎?
明知道天皇就是個凡人， 沒啥特異功能， 但大家還是把他當大爺供著， 十分不解。 而且那時候流行以下犯上， 明智光秀連當時如日中天的織田信長， 日本實際的掌權人都敢反叛。 松永久秀和三好家連幕府將軍都殺了， 卻不敢對天皇動一根寒毛。 即使到了德川家康建立幕府那會， 把原來的主公豐臣家滅了以後， 也只是循規蹈矩的當個將軍就知足了。
那麼這個日本名義上的統治者有這麼大的威信，
事實上， 幕府將軍就相當於日本的國王一樣， 中國也是冊封日本實際掌權者為日本國王， 基本上有事也是找將軍裁決。
因為所有的日本貴族統治的法理都是依據天皇至高無上的血統， 包括家格等都是依據在血緣親疏的基礎上!不像其他國家靠儒家或者宗教!所以反天皇就是把自己統治的根基一起掘了， 這種事傻子才幹!
其實日本天皇家族是日本文化傳統神道教的精神領袖， 有點類似于孔家之於中國儒家的地位。 而且天皇家族長期無實權(連明治維新後都只有裕仁才算是有實權)， 就跟寺廟裡的佛像一樣。 大名當個主持香火錢、地位、名譽都有了， 何必把佛像踹了自己上去做蠟呢?
另一方面沒人推翻天皇恰恰是因為下克上的傳統， 一旦實權人物罷黜天皇， 會給反叛者造反的口實， 造成實權人物勢力的失控。