嘉慶元年正月初七， 張正謨， 聶傑人等， 在湖北宜都枝江一帶， 拉開了白蓮教大起義的序幕。 近鄰宜昌地區的長樂、長陽兩縣的教徒立即回應， 各地白蓮教組織也聞風而起， 二月， 楊起元等攻佔當陽縣城， 曾士興等攻破竹山、保康兩縣城， 三月初十， 襄陽地區的教徒在王聰兒， 姚之富等率領下， 按原定日期起義。
面對數省白蓮教教徒的起義， 剛剛即位的嘉慶皇帝急忙調兵遣將， 鄂豫川陝等各省的督府、將軍、提督、總兵等相繼出動， 分赴各地鎮壓起義。
在最初的一段時間裡， 湖北各地的義軍大多被鎮壓下去， 四川的義軍也受挫被困， 只有襄陽起義軍採取流動作戰的策略， 力量迅速壯大， 成為湖北起義軍的主力。 嘉慶二年初， 襄陽起義軍又開始了大規模流動作戰， 轉戰於湖北、四川、河南、山西， 後分三股進入四川， 清軍只能尾隨其後， 疲於奔命。
7月四川起義軍被清軍圍困， 襄陽起義軍趕到解圍， 在東鄉與四川起義軍會師， 各路起義軍按青、黃、藍、白分號設立掌櫃、元帥、先鋒、總兵等職。 然而， 這種看似嚴密的組織並沒有使其義軍真正連為一體， 各股仍然各自為戰， 分散行動。 這也給起義的最後失敗埋下了禍根。
嘉慶三年4月， 襄陽起義軍在湖北襄陽被清軍包圍， 首領王聰兒， 姚之富不甘做俘虜， 跳崖犧牲。 嘉慶五年四月， 四川江油， 馬蹄崗戰役， 白蓮教著名領袖冉天元戰死， 義軍第一批領導人相繼犧牲殆盡， 人數從十幾萬減至幾萬人， 起義開始轉入低潮。
這時清政府的“堅壁清野”與“寨堡團練”政策已逐漸推廣並發揮作用，
嘉慶六年下半年， 起義軍活動基本上只限于川楚邊境地區， 轉戰在深山老林之中。 人數只剩24000， 而圍剿的清軍卻有二十幾萬， 起義軍在極端艱苦的條件下堅持戰鬥， 直到嘉慶九年九月， 起義終告失敗。
白蓮教的起義雖然看起來聲勢浩大， 但是因為各路起義軍互不相屬， 各自為戰， 而且在戰術上也只是盤踞在山寨或縣城， 消極防守， 不主動出擊， 缺乏靈活性， 雖然能夠給清軍以沉重打擊， 但也為清軍各個擊破提供了條件。