愛沙尼亞位於波羅的海東海岸， 東與俄羅斯接壤， 南與拉脫維亞相鄰， 北鄰芬蘭灣， 與芬蘭隔海相望， 西南瀕里加灣。 邊界線長1445公里，
塔林（Tallinn）、塔爾圖（Tartu）、納爾瓦（Narva）、科赫特拉-耶爾韋、派爾努（Pärnu）、維爾揚迪（Viljandi）、拉克韋（Rakvere）、西拉梅（Sillamäe）、馬杜（Maardu）、庫雷薩雷（Kuressaare）、沃魯（Võru）、瓦爾加（Valga）、哈普薩盧（Haapsalu）、約赫維（Jõhvi）
中國與愛沙尼亞雙邊貿易據歐盟統計局統計， 2016年愛沙尼亞與中國雙邊貨物進出口額為6.92億歐元， 同比下降9%。 其中， 愛沙尼亞對中國出口1.36億歐元， 增長3%， 占其出口總額的1.3%；愛沙尼亞自中國進口5.558億歐元， 占其進口總額的4%， 同比下降11%。 愛沙尼亞貿易逆差4.19億歐元， 同比增長0.6%。 中國是愛沙尼亞排名第16位的出口市場和第9大進口來源地。
就具體商品而言， 機電產品、光學鐘錶、醫療設備和木材製品是愛沙尼亞對中國出口的主要商品，
愛沙尼亞自中國進口的首要商品是機電產品， 2016年1-9月進口額為3.5億美元， 同比增長5.3%， 占愛沙尼亞自中國進口總額的63.0%。 紡織品及原料是第二大類進口產品， 進口額5258萬美元， 同比下降3.1%， 占自中國進口總額的9.5%。 賤金屬及製品和傢俱玩具等也是主要進口產品， 進口額分別為3566萬美元和3199萬美元， 合計占愛沙尼亞自中國進口總額的12.3%。 在上述產品上， 芬蘭、德國等是中國的主要競爭對手。
愛沙尼亞海關與稅務部門合在一起稱為愛沙尼亞稅務與海關局（Estonian Tax and Customs Board）， 隸屬於愛沙尼亞財政部。 稅務與海關局設置稅務部、海關部、收益管理部、審計部、人事部、服務管理部、調查部、情報部、法務部、公共關係部、內部控制部以及辦公室等機構。 愛沙尼亞全境設立11個海關辦公室， 分別是機場、機場客運大樓、科艾杜拉火車站、科艾杜拉汽車站、盧哈馬汽車站、穆格、納瓦火車站、納瓦汽車站、帕爾迪斯基、客運港口以及錫拉邁埃。
愛沙尼亞一貫奉行自由貿易政策， 基本不存在貿易管制， 海關稅率也較優惠。 2004年5月1日加入歐盟後， 執行歐盟的貿易管理制度和海關管理規定。 海關稅率與歐盟一致,平均關稅為5.5％。
愛沙尼亞進口方面:食品、動物寵物、植物和植物產品、瀕危動物和植物物種、藥品和珍貴金屬及其製品屬於限制入境的物品， 多數情況下受數量限制並需要證明。 自用的武器彈藥、炸藥經愛警察局和技術檢驗機構批准可以帶入境， 文物的出口須有歐盟的特許。
愛沙尼亞禁止進口的物品和貨物主要有：禁止民用的刀槍和電擊器具、仿冒名牌的貨物、侵權產品（如盜版CD， DVD等音像製品）、毒品（如鴉片、海洛因等）、威脅生態平衡的動物和植物物種。
愛沙尼亞屬於歐盟成員國， 海運到愛沙尼亞需要提供ENS(Entry summary declaration入境摘要報關單)一般是25美金/票， 出口到這個國家的產品需要CE認證。
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