在日本發動侵華戰爭前夕， 全中國有4747所圖書館， 但是到了1943年， 中國圖書館的數量下降到940所， 五分之四的圖書館不是被毀壞， 就是被搶空。 在日本入侵期間， 中國損失了圖書館藏書量的40%。
1905年， 中國才開始建立現代圖書館體系。 到1930年之前， 中國所有的主要省市都建立了公共圖書館。 這些圖書館中的大部分遭到日軍洗劫。
根據日本和中國的檔記載， 在南京大屠殺期間， 日本軍隊對南京各類圖書館進行了系統地劫掠， 掠奪圖書總數達897， 178冊。
日軍在進攻南京之前， 已經建立了一個名為“中支（華中）佔領地區圖書文獻接收委員會”的機構，
在1937年12月13日日本佔領南京以後， 日本成立的一個15人委員會向所有入城部隊首腦發佈了一個訓令， 要求與這個特別委員會進行合作。 從1938年1月22日開始， 在洗劫了圖書館之後， 特別委員會開始審查從國民政府所屬的大約70個機構中劫掠的圖書。
日軍把從南京以外地區劫掠的圖書運送到一個主要場所集中， 並成立了“圖書整理委員會”負責整理圖書。 這個機構從1938年3月6日工作到8月31日， 將被掠圖書整理編成11個大類目錄。
經過再次整理之後， 以下三個類目的成果被出版：《（國民政府）全國經濟委員會刊行物目錄》；《支那經濟財政金融關係資料目錄》；《中支建設資料設備事務部南京圖書部華文雜誌公佈目錄（附報刊目錄）》。
日本在搶到了這些寶貴的書籍後， 建立了很多專門的研究機構， 比如東亞研究所、東亞風土病研究所、東亞經濟研究所、東洋文化研究所、民族研究所， 分類進行研究。
從16世紀的豐臣秀吉時代開始， 對圖書和文物的劫掠已經成為了日本軍事入侵的固有內容。
在1937年7月， 日本發動了全面侵華戰爭， 同時建立了特種任務執行機構
“中支佔領地區圖書文獻接收委員會”， 後來改稱為“興亞院華中聯絡部中支那重建物資籌備委員會”。
1945年10月上旬， 在日本投降兩個月後， 39位中國學者， 包括許廣平、周建人、鄭振鐸等發表了一封公開信， 要求日本返還從中國劫掠的圖書， 但是由於中國隨即到來的內戰和動亂，
儘管在盟軍佔領時期， 日本向中國歸還了158， 873冊圖書， 但只占全部掠奪的2， 742， 108冊圖書的6%。 大部分圖書還沒有被歸還。 1946年3月20日， 盟軍最高司令官麥克亞瑟將軍給日本政府中央聯絡辦公室發出了一份備忘錄：《關於公共搜集物及藏書疏散的現在位置和狀態的檔》， 列舉了中國圖書的目錄和存放的地點。 如：宮城、宮內省（含宮內省所管的帝室博物館）、靖國神社、東京科學博物館、東方美術學校、坪內紀念演劇博物館、錢貨博物館、書道博物館、帝國圖書館、東京帝國大學圖書館、東京帝國大學史料編纂所、慶應義塾大學圖書館、早稻田大學圖書館、日比穀圖書館、東洋文庫、東方文化大學、大橋圖書館。
這些圖書館現在都成為世界上研究亞洲文化和歷史的最好的資料庫， 人們在這些圖書館中可以發現其他地方找不到的圖書。 其中， 東京帝國大學圖書館收藏著無價的中國最古老的典籍和最大量的經典圖書， 以及世界上最古老和最浩瀚的印刷典籍。 這使日本成為中國學研究的重鎮， 甚至中國學者也必須去日本查閱這些寶貴的典籍。