嘉靖帝在位45年， 是明朝實際統治時間最長的皇帝。 在他執政的前二十年中頗有作為， 以不因循守舊的革新精神開創了中興局面， 他順應歷史潮流、敢於打破傳統、體恤士農工商、有利社會發展。 嘉靖時代的許多建築， 如北京的天地日月四壇， 鐘祥的明顯陵、元佑宮等， 至今仍顯現著勞動人民藝術創造的風采， 為文化的發展做出貢獻；但在嘉靖二十一年之後日益腐化， 朝政日壞， 大禮議杖笞群臣、崇奉道教並禍及自身、尋興大獄、誤用佞臣、剛愎自用、局勢動盪不堪。 嘉靖帝是個極其聰明並且自信的皇帝，
海瑞， 古怪的模範官僚。 海瑞是忠臣， 又是孝子。 海瑞尊重法律， 按照規定的最高限度執行。 海瑞從政20多年的生活， 充滿了各種各樣的糾紛。 他的信條和個性使他既被人尊重， 也被人遺棄。 當人們評論他的政治措施， 卻不僅會意見分歧， 而且分歧的程度極大。 在各種爭執之中最容易找出的一個共通的結論， 就是他的所作所為無法被接受為全體文官們辦事的準則。 海瑞充分重視法律的作用並且執法不阿， 但是作為一個在聖經賢傳培養下成長的文官， 他又始終重視倫理道德的指導作用。 他在著作中表示，
海瑞在《治安疏》中說道：“陛下則銳精未久， 妄念牽之而去矣。 反剛明而錯用之， 謂長生可得， 而一意玄修。 富有四海不曰民之脂膏在是也， 而侈興土木。 二十餘年不視朝， 綱紀馳矣。 數行推廣事例， 名爵濫矣。 二王不相見， 人以為薄于父子。 以猜疑誹謗戮辱臣下， 人以為薄於君臣。 樂西苑而不返宮， 人以為薄于夫婦。 天下吏貪將弱， 民不聊生， 水旱靡時， 盜賊滋熾。 自陛下登極初年亦有這， 而未甚也。 今賦役增常， 萬方則效。 陛下破產禮佛日甚， 室如縣罄， 十餘年來極矣。 天下因即陛下改元之號而臆之曰:嘉靖者，
其大意是罵皇帝癡迷求仙， 無父子之恩， 君臣之道， 不配做父親和君王， 而且因修道導致國窮民弱。
明世宗初見海瑞的《治安疏》， 十分憤怒， 但是他過了一會又讀海瑞的上疏， 一天裡反復讀了多次， 感到歎息， 只是把《治安疏》留在宮中數月。 並說：“這個人可和比干相比， 但朕不是商紂王。 ”沒有殺海瑞， 只是下獄了事。
嘉靖帝稱海瑞是大明朝一把神劍， 唯有德者方可執之， 留給兒子裕王將來對付那些貪臣墨吏， 或要推行新制， 並稱海瑞可一往無前， 所向披靡。 西元1566年， 明嘉靖四十五年十二月十五日， 裕王朱載垕繼位， 年號隆慶。 奉先帝世宗皇帝遺詔， “存者召用， 歿者恤錄， 見監者即先釋放複職”。
海瑞聽到嘉靖皇帝駕崩後痛哭流涕， 把所吃的食物全部吐出來， 一夜哭昏好幾次。