（三）國內法對適用相互協商程式的具體規定
在稅收實踐中為增強相互協商程式的可操作性， 有效解決國際稅務爭議， 特別是維護我國境外投資企業和個人的合法稅收權益， 2005年國家稅務總局制定了《中國居民（國民）申請啟動稅務相互協商程式暫行辦法》（國稅發〔2005〕115號）， 對相互協商的申請、受理、適用情形等作出了基本規定。 隨著稅收協定執行形勢發展變化， 該辦法已被2013年11月施行的《稅收協定相互協商程式實施辦法》（國家稅務總局公告2013年第56號）取代。 《稅收協定相互協商程式實施辦法》的主要內容是：
1
定義及適用範圍
《稅收協定相互協商程式實施辦法》對相互協商程式、中國居民、國民等作出了定義， 並明確其適用於除特別納稅調整以外的所有相互協商案件， 包括：中國居民（國民）申請啟動的相互協商程式、締約對方主管當局請求啟動的相互協商程式、國家稅務總局主動向締約對方請求啟動的相互協商程式。
2
可協商事項
相互協商的事項限於稅收協定適用範圍內的事項， 但超出稅收協定適用範圍， 且會造成雙重徵稅後果或對締約一方或雙方利益產生重大影響的事項， 經我國主管當局和締約對方主管當局同意， 也可以進行相互協商。 這些事項主要包括“對居民身份的認定存有異議， 特別是相關稅收協定規定雙重居民身份情況下需要通過相互協商程式進行最終確認的”“對常設機構的判定，
3
職責許可權
我國負責相互協商工作的主管當局為國家稅務總局， 國家稅務總局授權代表負責具體處理相互協商程式事務。 省、自治區、直轄市和計畫單列市國家稅務局或地方稅務局及以下各級稅務機關負責協助國家稅務總局處理相互協商程式涉及的本轄區內事務。
4
方式和期限
申請人應在有關稅收協定規定的期限內， 以書面形式向省級稅務機關提出啟動相互協商程式的申請。 其中“稅收協定規定的期限”通常為3年， 也有一些協定少於3年， 如我國與義大利、羅馬尼亞的稅收協定規定為2年，
5
管轄機關
（1）負責對申請人個人所得稅或企業所得稅征管的省級稅務機關為受理申請的稅務機關。
（2）申請人就締約對方徵收的非所得稅類稅收提出相互協商申請的， 負責與該稅收相同或相似的國內稅收徵收的省級稅務機關為受理申請的稅務機關。
（3）國內沒有徵收相同或相似稅收的， 省國家稅務局為受理申請的稅務機關。
（4）申請人就非歧視待遇（無差別待遇）條款提出相互協商申請， 且未構成我國稅收居民的， 個人戶籍所在地、法人或其他組織設立地的省級稅務機關為受理申請的稅務機關。
6
異議申請
（1）因申請人提交的資訊不全等原因導致申請不具備啟動相互協商程式條件的，
（2）申請人對省級稅務機關拒絕受理的決定不服的， 可在收到書面告知之日起15個工作日內向省級稅務機關或國家稅務總局提出異議申請。
（3）如申請人向省級稅務機關提出異議申請， 省級稅務機關收到異議後， 應在5個工作日內將申請人的材料， 連同省級稅務機關的意見和依據上報國家稅務總局。
（4）國家稅務總局收到省級稅務機關上報的申請後， 視情況在規定期限內分別做出補充材料、啟動或者不予啟動相互協商程式的處理。
7
程式的終止
發生下列情形之一的， 國家稅務總局可以決定終止相互協商程式， 並以書面形式告知省級稅務機關， 省級稅務機關應告知申請人：（1）申請人故意隱瞞重要事實， 或在提交的資料中弄虛作假的；（2）申請人拒絕提供稅務機關要求的、與案件有關的必要資料的；（3）因各種原因， 申請人與稅務機關均無法取得必要的證據， 導致相關事實或申請人立場無法被證明， 相互協商程式無法繼續進行的；（4）締約對方主管當局單方拒絕或終止相互協商程式的；（5）其他導致相互協商程式無法進行， 或相互協商程式無法達到預期目標的。
8
申請撤回
在兩國主管當局達成一致意見之前， 申請人可以以書面方式撤回相互協商申請。
9
協商結果通知
對於相互協商結果，國家稅務總局應以書面形式告知受理申請的省級稅務機關，省級稅務機關應告知申請人。
申請人撤回申請或者拒絕接受締約雙方主管當局達成一致的相互協商結果的，稅務機關不再受理基於同一事實和理由的申請。
10
核查對方當局請求
（1）國家稅務總局在收到締約對方啟動相互協商程式的函後，查清事實，決定是否同意啟動相互協商程式，並書面回復對方。在作出是否同意啟動相互協商程式決定前，認為需要徵求相關省級稅務機關意見的，可以將相關情況和要求告知省級稅務機關，省級稅務機關應在國家稅務總局要求的時間內予以回復。
（2）國家稅務總局決定啟動相互協商程式後，如有必要，可將締約對方主管當局提交的相互協商請求所涉及的案件基本情況、主要證據等以書面形式下達給相關省級稅務機關，限定期限完成核查。
（3）接受任務的省級稅務機關應組織專人對案件進行核查，並在國家稅務總局要求的期限內將核查結果以公文形式上報國家稅務總局。對複雜或重大的案件，不能在期限內完成核查的，應在核查期限截止日期前5個工作日內向國家稅務總局提出延期申請，經國家稅務總局同意後，上報核查結果的時間可適當延長，但延長時間不超過1個月。
（4）核查中需要補充材料或就某一事項作出進一步說明的，應及時向國家稅務總局提出。國家稅務總局同意向締約對方主管當局提出補充要求的，等待對方回復的時間不計入核查時間。締約對方主管當局在回復中改變立場，或提出新的請求的，核查時間重新計算。
11
稅務機關主動向對方當局請求啟動協商
（1）國家稅務總局在發現過去相互協商達成一致的案件或事項存在錯誤，或有新情況需要變更處理等情況下，可以主動向締約對方主管當局提出相互協商請求。
（2）省級以下稅務機關認為有必要向締約對方主管當局提起相互協商請求的，應層報國家稅務總局。
12
達成協議的通知和執行
雙方主管當局經過相互協商達成一致意見，需要涉案稅務機關執行的，國家稅務總局將結果以書面形式通知相關稅務機關。相關稅務機關的執行期限為自收到通知之日起3個月內，執行情況需報告國家稅務總局。
根據稅收協定，雙方主管當局協商達成一致的協定應予執行，不受各締約國國內法律的時間限制，且一般不規定執行的具體時限。但個別協定也規定了執行時限，如我國與土耳其的稅收協定，規定協議應在1年內執行；與墨西哥的稅收協定，規定協議應自應納稅之日或納稅申報之日起不超過10年內予以實施。如果該締約國另一方國內法允許，時限可以延長。由此可見我國《稅收協定相互協商程式實施辦法》注重執行效率、維護我國國際稅收公信力的立法意圖。
——本文摘自楊志強主編的《稅收法治通論》第330頁至333頁
對於相互協商結果，國家稅務總局應以書面形式告知受理申請的省級稅務機關，省級稅務機關應告知申請人。
申請人撤回申請或者拒絕接受締約雙方主管當局達成一致的相互協商結果的，稅務機關不再受理基於同一事實和理由的申請。
10
核查對方當局請求
（1）國家稅務總局在收到締約對方啟動相互協商程式的函後，查清事實，決定是否同意啟動相互協商程式，並書面回復對方。在作出是否同意啟動相互協商程式決定前，認為需要徵求相關省級稅務機關意見的，可以將相關情況和要求告知省級稅務機關，省級稅務機關應在國家稅務總局要求的時間內予以回復。
（2）國家稅務總局決定啟動相互協商程式後，如有必要，可將締約對方主管當局提交的相互協商請求所涉及的案件基本情況、主要證據等以書面形式下達給相關省級稅務機關，限定期限完成核查。
（3）接受任務的省級稅務機關應組織專人對案件進行核查，並在國家稅務總局要求的期限內將核查結果以公文形式上報國家稅務總局。對複雜或重大的案件，不能在期限內完成核查的，應在核查期限截止日期前5個工作日內向國家稅務總局提出延期申請，經國家稅務總局同意後，上報核查結果的時間可適當延長，但延長時間不超過1個月。
（4）核查中需要補充材料或就某一事項作出進一步說明的，應及時向國家稅務總局提出。國家稅務總局同意向締約對方主管當局提出補充要求的，等待對方回復的時間不計入核查時間。締約對方主管當局在回復中改變立場，或提出新的請求的，核查時間重新計算。
11
稅務機關主動向對方當局請求啟動協商
（1）國家稅務總局在發現過去相互協商達成一致的案件或事項存在錯誤，或有新情況需要變更處理等情況下，可以主動向締約對方主管當局提出相互協商請求。
（2）省級以下稅務機關認為有必要向締約對方主管當局提起相互協商請求的，應層報國家稅務總局。
12
達成協議的通知和執行
雙方主管當局經過相互協商達成一致意見，需要涉案稅務機關執行的，國家稅務總局將結果以書面形式通知相關稅務機關。相關稅務機關的執行期限為自收到通知之日起3個月內，執行情況需報告國家稅務總局。
根據稅收協定，雙方主管當局協商達成一致的協定應予執行，不受各締約國國內法律的時間限制，且一般不規定執行的具體時限。但個別協定也規定了執行時限，如我國與土耳其的稅收協定，規定協議應在1年內執行；與墨西哥的稅收協定，規定協議應自應納稅之日或納稅申報之日起不超過10年內予以實施。如果該締約國另一方國內法允許，時限可以延長。由此可見我國《稅收協定相互協商程式實施辦法》注重執行效率、維護我國國際稅收公信力的立法意圖。
——本文摘自楊志強主編的《稅收法治通論》第330頁至333頁