元朝末代皇帝元順帝妥歡帖睦爾既沒有戰死， 也沒有自殺， 而是撤退到自己祖先曾經興起的故地——蒙古高原
元朝的滅亡， 只是使蒙古帝國失去了中國的領土，
蒙古帝國幅員遼闊， 元朝版圖只算蒙古帝國的一部分， 元朝的皇帝又是蒙古帝國的大汗， 對於蒙古各大汗國和部落享有宗主權。
元順帝是接觸漢文化較深的一個， 雖然還是蒙古各部的大汗，
元順帝的兒子愛猷識裡達臘將殘元政權又維持了八年， 盼望著有朝一日重登皇位。
1378年， 愛猷識裡達臘去世， 其子脫古思帖木兒繼位， 1388年， 10萬人的明軍在大將藍玉的率領下大敗脫古思的軍隊， 官員三千多人及軍士七萬余人被俘， 脫木思帖木兒被其部將縊殺。
這次的失敗使忽必烈家族喪失了在蒙古人中至高無上的地位， 1399年殘喘了29年的殘元政權滅亡了， 合法的蒙古帝國大汗不復存在了
明帝國和蒙古帝國爭鬥了兩百多年， 最後， 在相差不到10年時間內， 先後被滿清所滅。
1635年整個漠南蒙古納入了後金的版圖， 而蒙古帝國， 也永遠的消失了。