雲之彼端， 那是我和她約定的地方。
任時空阻礙也不能放棄曾經的承諾， 我要等到與你重逢 -《雲之彼端》這一主題與《星之聲》相同， 看起來像是《星之聲》升級加長版， 兩者的背景差別是平行宇宙VS外星作戰。 《星之聲》格局較小， 通過手機短信串聯起男女主角的分離-想念-時空和距離的阻隔-漫長等待-心意如初， 而《雲之彼端》則展現了一個更為複雜、廣闊的世界。
左：雲之彼端 右：星之聲
《星之聲》上映後， 新海誠準備做一部時間更長的動畫。 然而， 從上一部的24分鐘， 進入到91分鐘的長篇製作， 在編劇上遇到了很大挑戰。 雖然《雲之彼端》主角為3人， 比《星之聲》僅多了1人， 但那時他還沒有製作2人以上故事的經驗。 當3人中的1人在說話時， 另2個人該如何安排？進度一拖再拖， 上映日期也往後推， 新海誠承認在做《雲之彼端》的時候自己火候尚淺。 那時遺留下的缺憾像是一顆種子，
上：雲之彼端 下：你的名字
有人說《雲之彼端》看不懂， 其實可能是背景以及巨塔和女主的關係有些複雜， 主線很清晰：男一男二喜歡著女主， 向她許下造好飛機， 去看遠方巨塔的承諾。 女一突然消失， 兩人中止了飛機製造， 直到3年後才得知她一直沉睡不醒以及她和巨塔的秘密， 遂完成飛機， 帶她飛到巨塔， 女主蘇醒。
戰爭之後日本被分為南北兩個部分， 三位元主角生活在南部-美軍統治下的青森縣。 巨塔位於北部-聯盟管轄的蝦夷（由北海道更名）。 南部的人只能看到位於蝦夷中心高聳入雲的巨塔， 但對它絲毫不瞭解。
巨塔女主佐由理和她的爺爺（第一個證實“平行宇宙”存在的物理學家）從未謀面， 各自生活在南北兩地。 爺爺在在南北分裂前製造了巨塔， 用來捕捉平行宇宙的資訊， 然後輸入女主睡眠狀態的意識之中。 平行宇宙就好像宇宙做的各種各樣的夢， 夢境的資訊可以説明科學家們用來預測現實宇宙的未來，
男一浩紀和男二拓也撿到一個噴氣引擎， 萌發出製造飛機飛到巨塔去看看的想法， 於是在寒暑假利用軍隊留下的廢品， 邊在工廠打工邊組裝小型飛機“雲谷”， 工廠廠長岡部傳授給了他們很多經驗。 同時對巨塔感興趣的還有他們的同學-兩人共同喜歡的佐由理， 因此有了開飛機帶她去看巨塔的諾言。
在飛機即將完工的時候，因為佐由理的突然消失，兩人放棄了飛機的製造。浩紀考進東京的高中，拓也留在當地就學，專攻物理，高三作為研究員進了戰時特殊情報處理研究所，專門研究巨塔的空間轉換。
沉睡佐由理“失蹤”是因為陷入沉睡而被轉到東京的醫院。入院後被要求切斷以前的所有聯繫，唯一寫的一封信是給浩紀，說明不告而別的原因，三年後才通過工廠廠長岡部轉到了浩紀手中。其實這段時間他頻繁地夢見佐由理，夢中的她在平行宇宙中孤單一人。當他收到信去找她時，她已經被轉移到研究所一周了。
夢中重逢浩紀去了她的病房，在那裡感受到了和夢裡一樣的氛圍，他感覺她就在這裡，伸出手，碰到了和身體分離的佐由理的靈魂。當他們手尖相觸，他進入了她的夢境。兩人對望，同時說出：一直，在找你。浩紀說：這次一定會遵守承諾，建好飛機，帶你去巨塔，也許這樣就能見面了，我會永遠保護你。這時，沉睡的佐由理流淚了，有要醒來的前兆，導致了巨塔異動。塔的波動頻率不斷上升，異常變化的範圍擴大到20公里，好像要把世界圈進來。之後，當她的意識逐漸恢復平靜，睡眠再度安定時，塔也回歸正常。
拓也在研究所見到了沉睡中的佐由裡，知道了她的沉睡是因為不斷從平行宇宙傳來的情報讓她的大腦承受不了。經過監測，佐由裡的睡眠是抑制塔波動的關鍵，要想讓塔維持原狀，她只能持續不斷地做夢；如果她意識清醒了，塔就會以自身為圓心，n公里為半徑，將周圍空間與平行宇宙的空間置換。n的大小取決於她清醒的程度，稍微有點醒，n就小點（比如夢中流淚時影響到20公里），要是完全清醒，世界將瞬間被吞入平行世界。
抉擇浩紀和拓也時隔三年見面。浩紀覺得喚醒佐由理的辦法就是完成約定，駕著飛機把沉睡的她帶到巨塔。拓也說只有她沉睡，塔才能穩定；她醒了，整個宇宙就置換了，相當於毀滅了一切。他問浩紀：你是要拯救佐由裡，還是要拯救世界？兩個最好的朋友，本來追求著同樣的夢，但現在立場不同，不知誰對誰錯。浩紀回憶過往，明白了最重要的是什麼，那就是佐由理。好在最終，兩人想到了萬全之策。
拓也從研究所帶出了佐由理，把她帶到浩紀那裡。離南北開戰還有5個小時，兩個朋友又開始合作。臨行前，浩紀拉起了小提琴，拓也想起了中學時佐由理在他們面前拉小提琴的情景，以前的歡樂時光重回眼前。
飛機只能乘坐兩人，拓也留守，浩紀帶佐由理出發了。趁著開戰，滿天戰鬥機的混亂場面，他們飛抵巨塔。
巨塔里佐由理的靈魂，看見了飛機，夢消失了。浩紀輕撫她的臉，說：歡迎回來，佐由理；然後發射導彈炸毀了巨塔，空間置換停止。在遠處注視著的拓也笑了，他和浩紀的心願雙雙達成，約定之地消失了，新的生活在等著他們。
在飛機即將完工的時候，因為佐由理的突然消失，兩人放棄了飛機的製造。浩紀考進東京的高中，拓也留在當地就學，專攻物理，高三作為研究員進了戰時特殊情報處理研究所，專門研究巨塔的空間轉換。
沉睡佐由理“失蹤”是因為陷入沉睡而被轉到東京的醫院。入院後被要求切斷以前的所有聯繫，唯一寫的一封信是給浩紀，說明不告而別的原因，三年後才通過工廠廠長岡部轉到了浩紀手中。其實這段時間他頻繁地夢見佐由理，夢中的她在平行宇宙中孤單一人。當他收到信去找她時，她已經被轉移到研究所一周了。
夢中重逢浩紀去了她的病房，在那裡感受到了和夢裡一樣的氛圍，他感覺她就在這裡，伸出手，碰到了和身體分離的佐由理的靈魂。當他們手尖相觸，他進入了她的夢境。兩人對望，同時說出：一直，在找你。浩紀說：這次一定會遵守承諾，建好飛機，帶你去巨塔，也許這樣就能見面了，我會永遠保護你。這時，沉睡的佐由理流淚了，有要醒來的前兆，導致了巨塔異動。塔的波動頻率不斷上升，異常變化的範圍擴大到20公里，好像要把世界圈進來。之後，當她的意識逐漸恢復平靜，睡眠再度安定時，塔也回歸正常。
拓也在研究所見到了沉睡中的佐由裡，知道了她的沉睡是因為不斷從平行宇宙傳來的情報讓她的大腦承受不了。經過監測，佐由裡的睡眠是抑制塔波動的關鍵，要想讓塔維持原狀，她只能持續不斷地做夢；如果她意識清醒了，塔就會以自身為圓心，n公里為半徑，將周圍空間與平行宇宙的空間置換。n的大小取決於她清醒的程度，稍微有點醒，n就小點（比如夢中流淚時影響到20公里），要是完全清醒，世界將瞬間被吞入平行世界。
抉擇浩紀和拓也時隔三年見面。浩紀覺得喚醒佐由理的辦法就是完成約定，駕著飛機把沉睡的她帶到巨塔。拓也說只有她沉睡，塔才能穩定；她醒了，整個宇宙就置換了，相當於毀滅了一切。他問浩紀：你是要拯救佐由裡，還是要拯救世界？兩個最好的朋友，本來追求著同樣的夢，但現在立場不同，不知誰對誰錯。浩紀回憶過往，明白了最重要的是什麼，那就是佐由理。好在最終，兩人想到了萬全之策。
拓也從研究所帶出了佐由理，把她帶到浩紀那裡。離南北開戰還有5個小時，兩個朋友又開始合作。臨行前，浩紀拉起了小提琴，拓也想起了中學時佐由理在他們面前拉小提琴的情景，以前的歡樂時光重回眼前。
飛機只能乘坐兩人，拓也留守，浩紀帶佐由理出發了。趁著開戰，滿天戰鬥機的混亂場面，他們飛抵巨塔。
巨塔里佐由理的靈魂，看見了飛機，夢消失了。浩紀輕撫她的臉，說：歡迎回來，佐由理；然後發射導彈炸毀了巨塔，空間置換停止。在遠處注視著的拓也笑了，他和浩紀的心願雙雙達成，約定之地消失了，新的生活在等著他們。