明太祖朱元璋有二十六個兒子， 他因自己出身卑微， 當上皇帝後， 生怕那些開國元勳“尾大不掉”， 將長子立為太子， 九子、二十六子早死， 其餘二十三個兒子都封王建藩。 燕王朱棣、晉王朱?、甯王朱權等率兵駐守北方， 抵禦蒙古;周王朱、齊王朱榑等駐於內地各省， 監督地方官吏。 朱元璋規定， 如遇奸臣專權， 藩王可以聲討奸臣， 甚至可以發兵“清君側”。 他的本意是企圖用皇室親戚來維護皇權， 殊不知事與願違。
皇位理應由朱允炆的父親朱標繼承， 朱標作為長子， 早就被立為太子。 可惜他英年早逝， 死於洪武二十五年(1392年)，
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洪武三十一年(1398年)朱元璋病逝， 長孫朱允炆即位。 出生於洪武十年(1377年)的朱允炆， 此時已是一個英姿勃發的青年了， 書生氣十足而又溫文爾雅， 卻缺少祖父與叔父們雄才大略的草莽習氣。
朱元璋給兒子們封王建藩， 並授予他們“清君側”特權的做法， 同樣出身卑微的劉邦也採用過。 劉邦建立漢朝後， 立即分封同姓諸侯王， 作為劉家天下的屏障。 出乎意料的是， 那些同姓諸侯王野心勃勃， 與中央分庭抗禮。 漢景帝接受晁錯的“削藩”主張， 引來了藩王的反叛——吳楚七國之亂， 他們的藉口就是“請誅晁錯， 以清君側”。
歷史常有驚人的相似之處。 建文帝即位後， 那些分封於邊疆及內地的藩王們， 根本不把這個年輕的侄皇帝放在眼裡， 他們個個擁兵自重。 建文帝時時感受到有著皇叔身份的藩王們的威脅， 不得不與親信大臣齊泰、黃子澄、方孝孺商量削奪藩王的權力。
於是， 建文元年(1399年)七月朱棣在他的封地起兵， 發動了“靖難之役”， 藉口是“清君側”， 其實是以聲討齊泰、黃子澄為名， 矛頭直指建文帝。 建文四年， 燕王朱棣攻下當時的首都南京， 建文帝下落不明， 一說焚死， 一說逃亡， 究竟如何， 眾說紛紜， 這就是建文帝生死之謎的由來。
燕王朱棣為了奪取帝位， 必須宣稱建文帝已經死亡， 否則他就不可能稱帝。 他在裝模作樣地多次拒絕大臣們的“勸進”之後， 終於登上了夢寐以求的皇帝寶座。 這樣的做法未免有篡位的嫌疑， 要擺脫嫌疑， 首先必須否定建文帝的合法性。 因此他既不給建文帝應有的諡號， 也不承認建文的年號， 把建文四年改稱洪武三十五年， 表示他不是繼承建文帝的帝位， 而是直接繼承太祖高皇帝的帝位。 就這樣， 他成為明朝的第三代皇帝——明成祖， 第二年(1403年)改元為永樂元年。
明成祖朱棣為了粉飾奪取帝位的合法性， 指使臣下掩蓋歷史真相， 銷毀建文時期的政府檔案， 禁止關於這一事件的一切記敘。 光有掩蓋還不夠， 必須篡改歷史。 於是， 這場政變被描繪成這樣：建文四年六月， “靖難”的軍隊打到南京金川門， “建文君欲出迎， 左右悉散， 惟內侍數人而已， 乃歎曰：‘我何面目相見耶!’遂闔宮*”。
史家的春秋筆法已經顯露無遺， 對朱允炆既不稱惠帝， 也不稱建文帝， 而徑直改稱“建文君”， 以表示他並不是帝位的合法繼承人;因為無臉見人， 才畏罪自殺。 燕王朱棣則顯得高風亮節， 捐棄前嫌， 立即派遣太監前往救援， 無奈來不及， 太監把“建文君”的屍體從火中找出， 報告燕王， 燕王哭著說：果然如此癡呆?我來是為了幫助你做好皇帝， 你竟渾然不覺，而走上絕路!這分明是史官的粉飾之言。
假如建文帝不“自焚”，也必死無疑。事實上朱棣上臺後，對建文帝的親信大臣如齊泰、黃子澄、方孝孺等，展開了一場又一場大屠殺，被人稱為“瓜蔓抄”。其殘酷的程度可與乃父朱元璋懲處胡惟庸、藍玉黨案相媲美。
明末文壇領袖錢謙益的《有學集》中有一篇《建文年譜序》，這樣寫道：他在史局(國史館)工作三十餘年，博覽群書，唯獨對於“建文遜國”(官方對於朱棣奪取帝位的一種標準宣傳口徑)一事，搞不清楚，而傷心落淚。原因有三：一是《實錄》無征，二是傳聞異辭，三是偽史雜出。因此他稱讚趙士喆所編《建文年譜》，薈萃諸家記錄，再現真相，感人至深，“讀未終卷，淚流臆而涕漬紙”。可見從明初到明末，始終有人在探求建文帝的生死之謎。
你竟渾然不覺，而走上絕路!這分明是史官的粉飾之言。假如建文帝不“自焚”，也必死無疑。事實上朱棣上臺後，對建文帝的親信大臣如齊泰、黃子澄、方孝孺等，展開了一場又一場大屠殺，被人稱為“瓜蔓抄”。其殘酷的程度可與乃父朱元璋懲處胡惟庸、藍玉黨案相媲美。
明末文壇領袖錢謙益的《有學集》中有一篇《建文年譜序》，這樣寫道：他在史局(國史館)工作三十餘年，博覽群書，唯獨對於“建文遜國”(官方對於朱棣奪取帝位的一種標準宣傳口徑)一事，搞不清楚，而傷心落淚。原因有三：一是《實錄》無征，二是傳聞異辭，三是偽史雜出。因此他稱讚趙士喆所編《建文年譜》，薈萃諸家記錄，再現真相，感人至深，“讀未終卷，淚流臆而涕漬紙”。可見從明初到明末，始終有人在探求建文帝的生死之謎。