口瘡的病變部位雖在口腔，但人體諸經皆會於口，口為脾竅，舌為心苗，腎脈連咽系於舌本，肝脈下頰環唇連舌本等，因此臟腑功能失調，或感受火熱之邪，飲食偏嗜，或勞倦過度均可引起本病發生。
心脾伏熱：由於外感風熱之邪或暴飲暴食，過食甘肥辛辣，煎炒炙賻，嗜酒等損傷脾胃，內蘊化熱；或思慮過度，所思不遂，致使心脾伏熱，鬱久化火，循經上竄，薰蒸於口而致口瘡。
陰虛火旺：素體陰虛或熱病，大病後期，真陰乏竭；亦有因本病遷延難愈，反復發作，耗傷真陰，引起腎水不足，難以濟火，命門之火失去維繫，導致龍火妄動，浮游於上，循經上擾咽喉而人口舌引起病變；或因肝失調達，氣鬱不暢，日久營陰暗耗，腎陰虧損，以致水不涵木，陰虛火升而致本病。
脾腎陽虛：若素體陽虛或勞倦過度，或因久服苦寒之藥，戕傷中土，致元氣不足，中陽不振，升降失司，或因房勞不節，或長期被本病所累，“久病不已，窮必及腎”，以致命門火衰，蒸騰無力，或因陰傷目久，陰損及陽，無根之火上浮而致病。
瘀血阻絡：這是近年來通過研究提出的一個新病機概念。由於心脾積熱或陰虛火旺，火熱熬津灼液，“津血同源”，血被火煎，濃縮於脈，以致成瘀血阻於血道，口舌失於血液濡潤而成口瘡。