肛瘺治療除外科傳統的手術和掛線外，近年來國內學者採用中西醫方法和運用高科技的方法治療，獲可喜成果。現簡介如下：
（1）冷凍治療 適用於低位單純性肛瘺的治療，是利用-196攝氏度液氮使瘺道發生凝固性壞死。繼而脫落，形成新的創而而自愈。麻醉下先用刮匙從外口適當搔刮瘺管，再用探針探入，確定瘺管的方向和走行，拔出探頭，選擇相似形狀的冷凍探頭（彎曲程度不同的紫銅管，直徑2毫米左右）作接觸法冷凍，持續冷凍3分鐘，使整個管道成白色冰棒，待自然複溫後拔出探頭，外塗消炎止痛軟膏，術後坐浴、換藥。
本方法操作簡便、痛苦小、不出血、無肛門失禁等併發症。
（2）電療儀治療 是根據祖國醫學掛線療法的原理，運用現代肛瘺電療儀的高溫物理技術治療，利用電弧放電產生高溫，對局部組織進行燒灼，以切開肛瘺達到治療目的。適用於低位肛瘺的治療。麻醉下用探針搞清瘺管內外口及走行，用電療儀沿探針依次切開肛瘺管壁，暴露創面，外敷燙傷膏。
本方法操作簡便、療程短，只需電療一次即可治癒。
（3）醫用ZT膠粘堵法 適用低位單純性肛瘺的治療。麻醉下，先用探針由外口向內口探入，確定瘺管的方位，用小刮匙搔刮並清除管內壞死組織及分泌物。然後將裝有ZT膠的塑膠管插入瘺管內口，術者左手食指插入肛門觸及塑膠管頭部後，右手固定塑膠管並將ZT膠快速注入瘺管內口部位，一條瘺管注入1-2毫升。
本方法操作簡便、痛苦小、治療時間短，不會引起肛門失禁等併發症。
（4）藥撚脫管法 是祖國醫學的傳統治療之一，將紅升丹用桑皮紙做成大小長短不一的藥撚。麻醉下先用刮匙從外口適當搔刮瘺管，以內口為中心作1×1.5釐米橢圓形切口，向下清除感染肛竇、肛腺及其導管，用腸線縫合肌層（內括約肌），再將切口上緣粘膜適當游離下拉，覆蓋創面，並用細絲線縫合肛管皮膚，以加強閉合內口，再視瘺管大小、深淺、長短、選擇適當的紅升丹藥撚插入管道，外塗金黃膏。術後全身應用抗生素5—7天，局部便後坐浴，每日換紅升丹藥撚一次，當瘺管膿腐脫淨流血水時（一般需要4—6天），停用藥撚，讓傷口自然癒合。
本方法簡單、療程短、治癒率高，對肛門功能保護好等優點。
（5）CO［2］鐳射治療 適用於低值單純性肛瘺，麻醉下用球頭探針從瘺道外口插入，沿瘺管走行緩緩探至內口引出肛門外，將鐳射輸出功率調至25—30W，從外門沿探針向內門方向逐步完全切開，再降低功率約15W左右，將切開的“V”形創面的感染瘺管壁、腐肉等汽化掉，特別是內口周圍的肉芽組織切勿遺漏。並向直腸方向延長汽化約0.2釐米，汽化過程中注意將過厚的炭化層用千分之一新潔爾滅棉球擦去，以將病灶汽化乾淨為度。對高位瘺可鐳射結合掛線治療。
本方法具有不出血、視野好、能直接滅菌、手術時間短、創傷小、癒合快等優點。