1、經血逆流
子宮內膜種植學說普遍為學者們所接受，在20世紀20年代首次提出，這是最早提出並得到廣泛接受的學說。婦女月經期經血可經輸卵管倒流進入腹腔，引起子宮內膜組織在腹腔內播散。逆流經血中的內膜碎片黏附並侵潤腹膜間皮，獲得血液供應後持續存活並生長。近年來，郎景和等發現內異症患者的在位內膜對其發病有重大作用。
但是90%的女性月經期有經血逆流發生，而臨床上僅有10%發生EM。目前的觀點認為還有其他多因素參與了EM 的發病，如內膜細胞通過血管或淋巴播散，機械種植機制等。
2、血行-淋巴播散學說
血行-淋巴播散學說：有證據支持子宮內膜異位症起源於子宮內膜組織經淋巴或血管異常播散，子宮內膜異位症發生在一些少見部位如會陰或腹股溝區，更加支持了這一學說。單純在腹膜後發現孤立病變者支持了淋巴擴散學說。
3、體腔上皮化生
此理論認為部分腹膜是具有分化能力的組織，並可以化生出與正常子宮內膜相似的組織。因為卵巢和苗勒氏管均來源於體腔上皮，因此體腔化生學說可以解釋卵巢的子宮內膜異位症。腹膜間皮同樣具有增殖和分化的能力，因此此學說甚至可以擴展至腹膜以解釋腹膜子宮內膜異位症。但除卵巢、苗勒氏管、腹膜以外的其他分化于體腔上皮的組織中並沒有子宮內膜異位症發現，這一現象使得體腔上皮化生理論受到了質疑。