自腹腔鏡廣泛應用於臨床以來，對診斷和治療盆腔子宮內膜異位症起到了積極作用。腹腔鏡不僅可以發現早期疾病，還可在腔鏡下治療，即診斷和治療同時進行，且避免開腹手術之弊，還可避免盲目用藥延誤病情。治療子宮內膜異位症的藥物較昂貴，並有一些副作用，病人需用藥3～6個月。所以，現在治療子宮內膜異位症首先應選腔鏡下診治，以求儘量去除異位病灶，然後用藥鞏固治療。
根據腔鏡手術範圍的不同，可以分為如下3種：
保留生育功能手術 適用於年輕、有生育要求的患者。手術範圍為儘量切淨或灼除內膜異位灶，但保留子宮及雙側、一側或至少部分卵巢。常施行的手術有卵巢巧克力囊腫（子宮內膜異位症的一種）剝除術、盆腔粘連松解術、盆腔點狀內膜異位灶灼除術，同時可行輸卵管通液術（此術對解除因輸卵管堵塞造成的不孕有益）。
保留卵巢功能手術 將盆腔內病灶及子宮予以切除，以免子宮內膜再經輸卵管逆行種植和蔓延到腹腔，但要保留至少一側卵巢或部分卵巢，以維持術後患者的卵巢功能。此手術適於45歲以下但無生育要求的重症患者，術後應加用藥物治療。
根治性手術 即把子宮、雙側附件（輸卵管、卵巢等）及盆腔內所有的內膜異位灶予以切除，適於45歲以上近絕經期的重症患者，術後可不再用藥。