一、手術治療子宮內膜異位症包括腹腔鏡手術和開腹手術
治療子宮內膜異位症的主要方法是手術治療，因為在直視下可以基本上明確病灶範圍和性質，對解除疼痛，促進生育功能效果較好。手術治療子宮內膜異位症包括開腹手術和腹腔鏡微創手術，子宮內膜異位症患者必要時做宮、腹腔鏡聯合手術。腹腔鏡手術，多是子宮內膜異位症合併卵巢巧克力囊腫，或者粘連不嚴重者，如想生育同時通輸卵管，手術切口小，恢復比較快。開腹手術，多用在子宮內膜異位症，合併子宮肌腺症或者多次手術史，盆腔粘連嚴重者，開腹手術可以仔細分離粘連，較徹底挖除病灶，滿意縫合創面（對今後妊娠有利、，手術後住院比腹腔鏡手術多3天，腹壁傷口不必拆線。
二、患者採取保守性手術治療子宮內膜異位症
用於較嚴重子宮內膜異位症患者，尤其是無腹腔鏡設備醫療機構或腹腔鏡掌握不熟練者，皆可實行剖腹手術分離粘連，挖除卵巢子宮內膜樣囊腫，盡可能保留正常的卵巢組織，如病灶僅限於一側且較重，另一側正常，有人主張將病側附件切除。這樣做妊娠率較保留病側卵巢後的妊娠率高。還可有選擇簡單子宮懸吊術，治療子宮內膜異位症效果也很明顯。
三、藥物治療子宮內膜異位症
適用於慢性盆腔痛、經期痛經症狀明顯、無生育要求及無卵巢囊腫形成的患者，包括對症治療和激素抑制治療，子宮內膜異位症患者通常選擇的藥物包括達那唑、孕三烯酮、促性腺激素釋放激素激動劑，也可採用假孕療法治療子宮內膜異位症。