1、藥物治療
也就是激素療法，通過藥理刺激體內激素分泌。因為異位內膜對卵巢內分泌有反應，所以採用性激素治療已成為本病的重要治療方法。性激素治療主要是抑制排卵或引起閉經，使異位內膜發生退行性變，繼而壞死、吸收。經過性激素治療後約有85%的病人的症狀可緩解，也有的病人經治療後妊娠。
2、手術治療
根治性手術即將兩側卵巢和子宮全部切除，這對年輕和未生育的婦女是極其殘酷的，所引起的併發症、後遺症給患者身心造成一定的痛苦，術後會發生絕經期綜合症。保守性手術將病變部位局部切除、剝離、剔除，但由於該病粘連很重，往往手術不徹底，如已經異位到骶韌帶，侵潤到直腸的異位病灶電灼後，復發率高。
3、放射治療
放射治療子宮內膜異位症的作用，在於破壞卵巢組織，從而消除卵巢激素的影響，使異位的內膜萎縮，達到治療的目的。放射線對異位的內膜破壞作用並不明顯，但對既不能耐受激素治療又因病灶位於腸道、泌尿道及廣泛盆腔粘連，尤其是合併心、肺或腎等嚴重疾病，本人又十分懼怕手術的個別患者，也可採用體外放療，破壞卵巢功能，達到治療目的。即便個別接受放療者，必須先明確診斷，特別是不能將惡性卵巢腫瘤誤診為子宮內膜囊腫，以至錯治而延誤正確治療。放射治療對身體有很大的副作用，對正常的組織也會有破壞效果。