咽痛是咽炎的常見症狀之一，但非咽炎所獨有，許多其他疾病也會出現咽痛。咽部的疼痛感覺神經纖維來源於舌咽神經、三叉神經、副神經和迷走神經。這些神經的分支末梢在咽部縱橫交織，並分佈到其他鄰近器官，這些部位受任何因素刺激都可通過神經反射而引起咽痛。可引起咽痛的疾病包括以下幾類：
咽部疾病引起的咽痛 各種咽部黏膜的感染性炎症刺激和壓迫痛覺神經末梢，導致咽痛。
咽部的非感染性因素 異物、外傷、腫瘤潰爛、莖突過長、舌咽神經痛、咽肌風濕性病變及黏膜過敏反應等，也會引起咽痛。
鄰近器官疾病引起的咽痛 屬於反射性咽痛。
全身性疾病引起的咽痛 在一些全身性疾病中，咽痛為其局部症狀之一。
有些婦女在月經前3 - 4 天內也可出現咽痛或灼熱感，這與雌激素水準過高有關。