核苷酸類似物是治療乙肝的常用抗病毒藥物，治療適應證篩選不當、初始藥物選用不當、治療時未定期監測、單藥序貫治療、未及時更改治療方案等均可造成核苷酸類似物耐藥。
1、治療適應證篩選不當
部分患者採用核苷酸類似物治療達不到預期效果，不屬於該類藥物適應人群，如肝臟炎症病變輕微的患者或ALT正常、HBeAg陽性的免疫耐受期患者，使用核苷酸類似物易產生耐藥性。
2、初始治療藥物選用不當
初始治療時藥物選用不當，如選擇抗病毒作用弱切耐藥率發生率低的藥物易產生耐藥性。
3、治療時未定期監測
使用核苷酸類似物時，未密切觀察患者治療效果，未發現應答減弱而繼續用藥導致藥效越來越低。
4、單藥序貫治療
對某一核苷酸類發生耐藥而後改用其它核苷酸類似物治療，造成患者產生對多種核苷酸類耐藥的變異株，使用多種藥物均效果差。
5、未及時更改治療方案
對合併HIV感染、肝硬化及高病毒載量等早期應答不佳者，未及時採用無交叉耐藥位點的核苷酸類似物聯合治療，可引起耐藥性產生。