並不是每個乙肝感染者都要進行抗病毒治療，在臨床上一般以為，當轉氨酶高於正常值兩倍；乙肝e抗原陽性、乙肝病毒DNA高於105拷貝/ml或者乙肝e抗原陰性、乙肝病毒DNA高於104拷貝/ml的乙肝患者才需要進行抗病毒治療。
注意治療時機
在乙肝抗病毒治療時，選擇乙肝抗病毒治療的最佳時機非常重要，對乙肝抗病毒治療有重要意義。當肝功能持續或者反復異常，轉氨酶高於正常值兩倍時進行有效的抗病毒治療，配合人體免疫系統，能夠更有效的滅殺病毒，降低治療的難度。
重視耐藥性
目前抗病毒治療主要是服用或者注射乙肝抗病毒藥物，像拉米夫定、干擾素等，根據乙肝病毒變異耐藥檢測選擇合適的藥物，一旦發生耐藥性，儘快採取調整措施，避免藥物使用不當造成浪費，增加患者的經濟負擔，也可增加抗病毒治療的療效。
定期檢查
在乙肝抗病毒治療的同時定期檢查非常重要，乙肝病毒變異、耐藥檢測、肝功能、乙肝病毒DNA、B超等可以動態監控乙肝患者的治療效果，以便及時調整治療方案。