注射乙肝疫苗後不能在血液中檢測到足夠數量的乙肝表面抗體，應該按照以下原則進行處理：
檢測乙肝表面抗體滴度
注射乙肝疫苗發現無效，首先要換別的檢測設備重新檢測乙肝表面抗體滴度，排除由於醫療設施落後對抗體檢測的誤差，臨床經常有這樣的情況，只要去條件更好一些的醫療機構檢測，就發現接種者體內已經有足夠的乙肝表面抗體。
加大劑量或更換疫苗
如果使用先進的檢測技術，仍未發現體內產生乙肝病毒表面抗體，可加大乙型肝炎疫苗的劑量。每次用量可增至10-30微克，也可適當增加接種疫苗的次數。或者直接換第三代基因工程疫苗或重組HB疫苗。對接種無前S蛋白乙肝疫苗後無應答者，可改用有前S蛋白的乙肝疫苗。這可使近半數接種普通疫苗失敗的人獲得成功。
促進免疫應答
在接種乙肝疫苗的同時接種牛痘疫苗、卡介苗或麻疹疫苗，可提高接種的成功率。在注射乙肝疫苗的前一天和當天服12克牛磺酸，或者合用小劑量的白細胞介素-2，也可提高接種成功率。
更換注射部位
皮下或皮內注射疫苗失敗者應改為肌肉注射，每兩週一次，直到遲髮型變態反應呈陽性為止。
接種乙肝疫苗後一定要檢驗接種效果和乙肝抗體滴度，並根據乙肝抗體滴度情況適時複測，當滴度小於保護值時，要再次注射乙肝疫苗，達到預防乙肝的目的。