紅斑狼瘡的基本病理變化是結締組織的黏液性水腫、纖維蛋白樣變性和壞死性血管炎，疾病早期為黏液性水腫，纖維蛋白樣變性是自身免疫球蛋白、補體和DNA等及纖維蛋白混合構成的嗜酸性無結構物質；中、小血管壁的結締組織發生纖維蛋白樣變性、壞死、血栓形成、出血等病變，形成壞死性血管炎。受損器官的特徵性改變是：①蘇木素小體，是細胞核變性固縮形成的嗜酸性團塊；②“洋蔥皮樣”病變，即小動脈周圍有顯著向心性纖維組織增生，尤以脾臟中央動脈為明顯。心、肺、肝、腎、神經系統等器官均可出現上述基本病理變化。心瓣膜的結締組織反復發生纖維蛋白樣變性，可形成贅生物。
腎組織幾乎都有病變。表現為彌漫性系膜細胞增生，免疫螢光見系膜有免疫球蛋白和補體沉積；少數腎小球有節段性細胞增生，常伴有纖維素樣壞死、系膜和內皮細胞彌漫性增生同時有膜增生性病變，新月體形成，“鐵絲圈”病損和蘇木素小體，晚期腎小管間質常有炎症、壞死和纖維化病變。