慢性直腸炎的病因還不明，可以是不明原因，或者是由性傳播疾病如淋病;梅毒，常是繼發的;衣原體結膜炎;單純性皰疹或巨細胞病毒或由其他感染引起;這可與先前的抗生素應用有關。
慢性直腸炎的治療一般不是針對病因的。慢性直腸炎病程長，反復發作，故慢性直腸炎的治療亦十分棘手。慢性直腸炎的治療方法主要有以下幾種：
調理：病人適當休息，進清淡、少渣、營養豐富、無刺激性的食物，並做到心情愉快，勞逸結合。
全身治療：
1、可根據病情口服、肌注或靜滴抗生素。
2、中藥治療：
慢性期體虛無力，以排粘液為主。
慢性直腸炎急性發作時，予以清熱解毒、潤腸通便。
慢性直腸炎的治療：最主要的是要及時到肛腸門診進行檢查治療，不要輕視慢性直腸炎的治療。