發病原因
迄今為止尚未確定，近年來的研究趨向認為本病可能是遺傳易感性和多種外源性因素共同相互作用的結果。
1.遺傳易感性
遺傳因素：大量資料表明，Crohn病與遺傳因素有關，研究發現單卵發育的孿生子之間患Crohn病的一致性比率明顯升高，為67％，而雙合子的孿生子，其一致性比率僅為8％，同時發現Crohn病患者與配偶之間表現為不一致性，且與普通人群無差別，以上表明本病有家族聚集性，另有報導，猶太人與非猶太人相比，猶太人家族中此病的發病率高，並發現主要是那些阿斯肯納茲人種，對散居在世界各地的阿斯肯納茲人的調查，其Crohn病的發病率高於那些同一地區居住的非阿斯肯納茲人的居民，可能阿斯肯納茲猶太人代表著人類中具有遺傳易感性的人群，也有報導表明，Crohn病患者多與HLA-DR4型血清抗原有關，遺傳因素究竟如何影響本病的發生尚不清楚，有人認為遺傳基因決定機體的免疫反應，炎症性腸病患者的遺傳因素決定其對一些腸腔內的抗原物質具有過強的免疫應答反應。
易感性的改變：目前多數學者認為，Crohn病的發生可能與機體對腸道內多種抗原刺激的免疫應答反應異常有關，越來越多的證據表明，Crohn病患者固有膜的T細胞啟動增強，包括T細胞啟動的表面標誌表達增加，T細胞細胞活素生成增加，以及細胞毒T細胞功能增加，這種T細胞啟動的增加導致了效應細胞的聚集，並隨後合成破壞性物質，由此造成Crohn病腸損傷，T細胞啟動的觸發機制尚不清楚，過去曾有人堅信是慢性分枝桿菌感染所致，但無可靠證據，目前認為可能不是單一的，更可能由一些廣為存在的觸發物質所啟動， Crohn病的根本缺陷導致了T細胞永久處於啟動狀態，這種缺陷是目前探索的課題，它可能是外源的抗原，增加的抗原傳遞以及有遺傳傾向的黏膜免疫障礙之間複雜的相互作用的結果。
目前研究表明，關於本病曾被認為是一種自身免疫紊亂性疾病的觀點是不準確的，實際上，尚無可信的證據表明存在有直接與任何自身抗原相關的免疫應答。
2.外源性因素
感染因素：早年因Crohn病的病理表現與非鈣化的結核病變相似，曾懷疑本病由結核桿菌引起，但用各種方法均未能分離出此病菌，20世紀70年代末80年代初有從Crohn病切除的腸段和腸系膜淋巴結中培養出Kansasii分枝桿菌或與結核桿菌類似的分枝桿菌的報導，研究發現，這些分枝桿菌接種於小鼠腹腔中可在其肝，脾中發生肉芽腫並出現抗酸桿菌，再把這些抗酸桿菌給乳羊口服，數月後羊的回腸末端可發生非乾酪性肉芽腫，從而認為分枝桿菌可能是Crohn病的病因，但有作者觀察到這些分枝桿菌在一些非炎症性腸病或正常人的腸組織中也存在，且曾有報導糞鏈球菌可引起兔腸壁的局部肉芽腫，所以還不能肯定這些分枝桿菌是本病的確切致病因素。
也曾有人懷疑Crohn病的病因是病毒，1970年Mitchell和Rees將Crohn病病人的腸系膜淋巴結和組織勻漿通過220nm過濾篩後接種於大鼠腳趾，經過6～24個月後，大鼠腳趾上發生上皮樣細胞肉芽腫和巨細胞肉芽腫，用同樣方法可使兔回腸出現肉芽腫，免疫抑制藥對病變的發生不產生影響，證明可能存在一種可傳染的微生物，其大小可能是病毒，但這一實驗結果未能得到重複，還有認為Crohn病與麻疹，流感等病毒感染有關，但迄今為止未能從Crohn病患者的腸組織中分離出真正的病毒顆粒，故本病病因還不能確認為病毒。
環境因素：城區居民較農村人群的發病率高，這種差異在鄉村保健水準很高的瑞典也存在，這可能與社會，經濟地位有關。
一些研究表明，口服避孕藥使炎症性腸病的發病危險增加，但另一些研究未能證實。
大量研究證明吸煙者患Crohn病的危險增加，而且吸煙可以增加Crohn病復發的可能性，其機制尚不清楚。
一些潛在的環境因素可激發Crohn病的發生，食用精製糖增加已被確認是一不利因素，一個普通的產期也可作為一種刺激因素而使一些孕婦于產後發生Crohn病。
發病機制
1.病變的分佈 本病從口至肛門的全胃腸道的任何部位均可受累，病變呈跳躍式或節段性分佈，小腸和結腸同時受累最為常見，占40％～60％;限於小腸，主要是末端回腸發病的占30％～40％;單獨發生在肛門或直腸的病變少見，約占3％，多與小腸和結腸病變合併存在;結腸單獨發病者較少，占5％～20％，胃或十二指腸，食管，口部病變總共約占10％以下。
2.大體病理 早期病變呈口瘡樣小潰瘍，大小不等，最小者如針尖，伴有出血;較大者邊界清楚淺表，底為白色，手術切除時如遺漏小的病變，可從該處復發，典型潰瘍呈縱行或匐行性，不連續，大小不等。
鵝卵石樣改變約在1/4病例中存在。
腸壁增厚，腸腔狹窄較多見，手術病例中95％左右存在狹窄。
有些Crohn病可見多發炎症性息肉。
3.顯微鏡所見 顯微鏡下病變見於腸黏膜層，黏膜下層和漿膜層，主要是黏膜下層，常見淋巴細胞聚集，可有生髮中心，淋巴細胞聚集的部位與血管和擴張的淋巴管有密切關係，漿膜層的淋巴細胞聚集可形成玫瑰花環樣，也可見到漿細胞，多核細胞和嗜酸性粒細胞，黏膜層可見到陷窩膿腫，非乾酪性肉芽腫為本病的重要特徵之一，由上皮樣細胞和巨細胞組成，中心無乾酪性壞死，並不常見，僅見於50％左右的病例，需要注意的是肉芽腫也可在耶爾森菌屬感染或衣原體感染時發現，有經驗的病理學家可通過組織切片加以鑒別，5％病例中可見玻璃樣變和甲介狀的包涵體，與結節病和結核病所見相同，肉芽腫常常很不典型，有由淋巴細胞形成的明顯邊界，可見於腸壁的全層，但以黏膜下層和漿膜層最易出現，除腸壁外，局部淋巴結中也可發現肉芽腫。
腸壁的裂隙潰瘍深達固有肌層，跨壁性的穿透是形成內瘺管和皮膚瘺管以及膿腫的基礎，肉眼下裂隙呈線狀，可有分支，周圍為水腫和島狀黏膜，橫斷面上，裂隙分支表現為壁內膿腫。
由於水腫和淋巴管擴張及膠原纖維數量增加，黏膜下層增寬，腸壁增厚。