為了不被甲亢突眼這種疾病困擾，治療時機的選擇尤為重要。對於較輕的甲亢患者，在控制甲狀腺功能的同時，就應採取低鹽飲食、高枕臥位的治療方法，也可以局部治療，如戴有色眼鏡、間斷應用利尿劑等。
對於中、重度活動性眼病患者來說，原則上在甲狀腺功能正常後再行手術治療，但因為它常常帶來極為嚴重的後果，所以在出現以下兩種情況時，必須給予積極及時的治療：一種是由於暴露性角膜炎和壓迫性視神經病變，有失明的可能性，可採用眶減壓手術，以避免視力的喪失；另一種是靜止期的眼病患者，可以採用手術的方法幫助患者糾正眼部的畸形和改善複視。