甲亢患者合併妊娠後，在選擇藥物時應注意以下問題：
甲亢患者合併妊娠首選丙硫氧嘧啶，盡可能使用小劑量藥物治療。因為PTU與血漿蛋白結合比例高，胎盤通過率低於硫脲類藥物，PTU通過胎盤的量僅是硫脲類藥物的的1/4。另外甲巰咪唑較PUT更易導致皮膚發育不全。所以甲亢合併妊娠患者應首選PUT，甲巰咪唑可作為二線藥物。目前國外學者認為妊娠甲亢也可選用甲巰咪唑，也不會引起胎兒畸形。
不主張合併使用左旋甲狀腺素片。
由於藥物本身可從乳汁分泌，產後如需繼續服藥，一般不宜哺乳。如必須哺乳，應選用PTU，且用量不宜過大。
普萘洛爾可使子宮持續收縮而引起胎兒發育不良、心動過緩、早產及新生兒呼吸抑制等，故應禁用。