甲狀腺手術是治療甲亢的有效方法，引起的併發症不多見，尤其在醫療水準較高的醫院進行手術則更為少見，可能出現的併發症如下。
出血：是由於手術結紮或縫合不牢引起。表現為患者敷料滲血明顯，血甚至可流到腦後，心率增快，呼吸困難，常在劇咳或嘔吐時發生。一旦發生，應立即通知醫生，就在病房內立即打開傷口，減低氣管壓力。
低血鈣抽搐：手術中，若不小心切除副甲狀腺，在術後1-7天可發生低血鈣，早期有手指、腳趾及口周圍的刺麻感，晚期出現面肌和手足陣發性痛性痙攣，甚至可發生喉及膈肌痙攣引起窒息，因此應儘早發現低血鈣症，及時給予靜脈補鈣。
甲狀腺危象：甲狀腺危象表現為術後12-36小時內出現高熱(39℃以上）、脈率達120次/分鐘以上，煩躁不安，繼而出現譫妄、嘔吐、腹瀉、昏迷，嚴重者可致死。因此發生以上情況應迅速通知醫生，同時予半坐臥位元，吸氧、物理降溫。治療方法為：給予抗甲狀腺藥物、激素、普萘洛爾、鎮靜劑等，糾正水和電解質失衡。