如果患者沒有其他疾病的話，再生障礙性貧血的病因往往和患者最近常接觸的一些有害物質有關。這些常見再生障礙性貧血的病因物質主要可以分為化學品和病菌兩類，分別是化學因素和感染因素。
化學因素 化學毒物：如苯、有機砷、染髮劑、有機溶劑、油漆、塑膠、燃料;殺蟲劑等;藥物：如氯黴宏、磺胺藥、保泰松、苯巴比妥，及一些抗癌藥氯芥、阿糖肥昔、氨甲蝶吟、柔紅黴家、阿黴素等都可能是再生障礙性貧血的病因。引起骨強抑制與用藥劑量和療程關係不大，與個體敏感性有關。
感染因素 再生障礙性貧血的病因還可能與嚴重的細菌感染有關，如栗粒性結核、肺炎、傷寒、白喉等，因細菌毒素抑制骨韶造血;病毒感染，其中以肝炎後再生障礙性貧血最為嚴重，可能為肝炎病毒直接抑制骨髓、損傷幹細胞或通過自身免疫產生抗幹細胞自身抗體等所致;嚴重的寄生蟲病，如黑熱病、晚期血吸蟲病等。
對再生障礙性貧血的病因分析，是預防和治療方面都很有説明的內容。針對這些再生障礙性貧血的病因作出相應的處理措施，患者也要注意保持良好的心理狀態、積極配合治療，這樣才能使病情得到控制，逐漸好轉。