再生障礙性貧血患者在進行造血幹細胞移植前，需要將已提取的造血幹細胞進行保存。造血幹細胞保存分為兩大類：非冷凍保存和冷凍保存。冷凍保存是將細胞冷凍保存於零下溫度，冷凍過程會造成部分細胞損傷和丟失，但細胞保存時間長，應用方便，是目前主要的保存法。
冷凍保存就是將造血幹細胞降溫到零下某一溫度，當細胞代謝停止後保存於零下溫度，該方法安全可靠，並可以長時間保存幹細胞。幹細胞冷凍保存分為降溫、儲存、融化回輸三個階段。每個階段都可能造成細胞的損傷和死亡，故需要注意冷凍保護，運用冷凍液以穩定細胞內外的水分子，在細胞冷凍和融化過程中減輕脫水皺縮和吸水腫脹程度，降低細胞死亡率。
造血幹細胞的冷凍保存可以分為程式控制降溫冷凍保存和非程式控制降溫冷凍保存。對程式控制降溫保存的儲存時間一般可以認為，幹細胞如在降溫過程中沒有受到損傷，那麼只要保持溫度足夠低，就能夠封閉酶的代謝途徑，則無論儲存多長時間都不會降低細胞存活率。非程式控制降溫冷凍保存一般在零下80℃保存幹細胞，目前的資料顯示細胞至少可以保存八個月，在此期間進行回輸可以使患者重建造血功能。