造血幹細胞移植是目前治療再生障礙性貧血的方法之一，對於某些患者可以起到根治疾病的作用。移植所用的造血幹細胞是採集於配型合適的供體骨髓，移植入患者體內發揮造血功能。採集骨髓造血幹細胞的過程並不複雜，對供體損害並不大。
骨髓造血幹細胞是直接從紅骨髓中採集來的，紅骨髓是造血幹細胞存在的主要場所。骨髓造血幹細胞採集需要再全身麻醉或硬膜外麻醉下行外科手術採集，在麻醉後用穿刺針在髂骨內抽取骨髓液。由於造血幹細胞移植需要的骨髓量較大，抽取骨髓細胞可能需要再髂骨上進行多點穿刺，如果數量仍不夠還需要在腰椎棘突上穿刺抽取。抽取骨髓的量應根據患者體重而定，一般需要抽出500~1000毫升骨髓液。
由於在抽取骨髓幹細胞的同時會同時抽出骨髓腔內的血液，為了預防捐贈者損失過多的血液造成貧血或血壓降低，應在術前幾周開始做自體備血，一般需要備血600毫升。手術時將自體備血輸回患者體內，以免失血性休克發生。術後捐獻者皮膚表面會留下數個穿刺針孔，應注意防止局部出血，如果感覺疼痛可以對症止痛治療。