孫中山與黃興並稱“孫黃”， 黃興數次在緊要關頭堅決力挺孫中山——“安危他日終須仗， 甘苦來時要共嘗”， 從孫中山贈給黃興的這副對聯， 也足見兩人感情之深， 信任之篤。 但就是這一對親密戰友， 在整個辛亥革命史中卻是分歧不斷。
因國旗樣式險些鬧翻
1906年冬天， 同盟會討論未來中華民國的國旗。 孫中山提議用青天白日旗作為國旗， 因為這紀念著當年興中會參與廣州起義的諸烈士的鮮血。 對此， 黃興堅決反對。
黃興認為青天白日旗的形式不美， 而且與日本的太陽旗相近， 有日本並華之嫌， 提議用井字旗作為國旗，
雙方意見無法統一， 孫中山甚至放出狠話：“僕在南洋， 托命於是旗者數萬人， 欲毀之， 先擯僕可也。 ”聽到孫中山的“不遜之言”， 黃興一怒之下找到宋教仁， 表示要退出同盟會， 斷絕一切關係。 據宋教仁記述：“蓋逸仙素日不能開誠佈公， 虛心坦懷以待人， 作事近於專制跋扈， 有令人難堪處故也。 今既如是， 則兩者感情萬難調和， 且無益耳， 遂不勸止之。 ”
此事最終以黃興讓步告終。 在寫給胡漢民的信中黃興說：“名不必自我成，
此後幾年， 黃興親臨前線， 先後指揮了包括廣州黃花崗起義在內的10餘次武裝行動。 在這些行動中， “黨軍咸用青天白日滿地紅旗之三色旗為革命標幟”， 黃興“迭任主帥， 從無反對之表示”。
處理宋案靠法律還是武力
1913年3月20日宋教仁遇刺， 5天后孫中山在上海召開國民黨高幹會議商議對策。 孫中山主張聯合日本， 立即起兵推翻袁世凱， 黃興則反對借外力解決內爭， 主張靠法律解決宋案。
黃興認為當時中國的邊疆形勢日益險惡， 如果國內再發生戰事， 中國就有被列強瓜分的危險， 而既然“民國已經成立， 法律非無效力， 對此問題， 宜持以冷靜態度， 而待正當之解決”。 讓黃興最擔心的還是南方武力不足以抗衡袁氏， 況且當時國民黨內掌握重兵的人(廣東陳炯明， 湖南譚延闓等)都不願此時出兵討袁。 單憑孫黃幾個赤手空拳的人不能成事。
最終，
黃興拒絕加入中華革命黨
流亡日本期間， 孫中山認為二次革命的失敗完全是國民黨喪失團結戰鬥精神所致，
孫中山說：“革命必須有惟一之領袖， 然後才能提挈得起。 ”然而黃興認為， 要求黨員宣誓願“犧牲一己之生命自由權利， 附從孫先生， 再舉革命”， 並在署名下加印指模， 是不合時宜的， “前者不夠平等， 後者跡近侮辱”， 兩者都違背黃興所信奉的平等自由精神。
黃興的立場， 曾招致陳其美等人刊文攻擊。 因陳的文章中頗多過激之辭， 令黃興極為不快， 故黃興對“中華革命黨”也有著非常激烈的批評。 1914年5月底6月初，孫中山致信黃興，建議黃興“靜養兩年”，黃興隨即黯然赴美。
黃興去世前兩人冰釋前嫌
即使到美國後，黃興也從未公開表示過對孫中山的怨懟。李根源、程潛、柏文蔚等“黃派軍人”組織歐事研究會，“別樹一幟，與孫對抗”。他們欲推黃為領袖時，黃拒絕道：“党只有國民黨，領袖惟孫中山，其他不知也。”
革命黨的分裂持續了兩年，後來歐事研究會的成員基本都重歸中華革命黨及改組後的中國國民黨。1916年袁世凱被迫取消帝制，在孫中山與蔡鍔等多次電報催促下，黃興回國，與孫中山冰釋前嫌。兩人和好3個月後，黃興因病去世，終年42歲。孫中山親自主持了喪禮。
孫、黃二人的分歧無關個人品格，只同各自理念相關。黃興長孫黃偉民評價孫、黃關係時說：“是兄弟，有分歧，有意見，但不能說是矛盾。”
1914年5月底6月初，孫中山致信黃興，建議黃興“靜養兩年”，黃興隨即黯然赴美。黃興去世前兩人冰釋前嫌
即使到美國後，黃興也從未公開表示過對孫中山的怨懟。李根源、程潛、柏文蔚等“黃派軍人”組織歐事研究會，“別樹一幟，與孫對抗”。他們欲推黃為領袖時，黃拒絕道：“党只有國民黨，領袖惟孫中山，其他不知也。”
革命黨的分裂持續了兩年，後來歐事研究會的成員基本都重歸中華革命黨及改組後的中國國民黨。1916年袁世凱被迫取消帝制，在孫中山與蔡鍔等多次電報催促下，黃興回國，與孫中山冰釋前嫌。兩人和好3個月後，黃興因病去世，終年42歲。孫中山親自主持了喪禮。
孫、黃二人的分歧無關個人品格，只同各自理念相關。黃興長孫黃偉民評價孫、黃關係時說：“是兄弟，有分歧，有意見，但不能說是矛盾。”