精神分裂症患者初次發病後應用藥物治療常可以獲得很好的治療效果，精神症狀可以獲得較好控制，但之後的病程每個患者都可能表現的不同。部分患者疾病痊癒，部分患者病程反復，部分患者病情逐漸加重。
在初次發病緩解後，約有1/3的患者可以痊癒，不再有任何精神症狀，停用抗精神病藥物後，也沒有精神症狀再發。雖然這部分痊癒的患者沒有了精神症狀，但精神分裂症發病的過程會深刻影響患者的正常生活和體驗，因此患者在病癒後可能會出現對事物的感受與得病前發生變化。
一些患者病程呈反復發作性，發作期與間歇期長短不同，復發的次數也不盡相同，復發與社會心理因素相關，發作和中止之間界限不明顯。這些患者在病程反復發作後，可出現人格改變和社會功能下降，臨床上呈現為不同程度的殘疾狀態。殘疾狀態較輕時，患者還可以保留一定的社會適應能力和工作能力，嚴重者則完全喪失這些能力。
另有一小部分精神分裂症患者病程為漸進性發展，精神症狀可反復發作，間斷減輕，但病情在間斷緩解中逐漸加重，這類病人預後不佳。