1、藥物治療：由於妊娠可避免發生經血逆流和痛經發生，可能引起內膜萎縮退化，所以使用性激素治療引起患者較長的時間閉經，現已經成為治療內膜異位症最為常見藥物治療方法。
2、手術治療：目前是主要的治療手段之一。適合病情較重對藥物治療沒有效果的患者，又可分為：
（1）保守性手術：僅切除病灶可以保留卵巢。一般這種方法適合年輕、以及想生育的患者，不過疼痛或者復發率較高。
（2）半治療性手術：切除病灶的同時，還要切除子宮，至少保留一部分卵巢。適合已有生育、年齡較大的患者，手術可治療痛經，復發的機會很少。
（3）治療性手術：切除子宮，可治療內膜異位症，適合更年期女性；另外，手術創傷小、恢復快等優點。子宮內膜異位症的飲食主要以清淡的蔬菜、水果等食物為主，不要吃辛辣刺激的食物會有一定的幫助。