認知療法的理論基礎是阿龍·貝克提出的情緒障礙認知理論。他認為：心理問題“不一定都是由神秘的、不可抗拒的力量所產生，相反，它可以從平常的事件中產生，例如錯誤的學習，依據片面的或不正確的資訊作出錯誤的推論，以及像不能妥善地區分現實與理想之間的差別等等。”
他提出，每個人的情感和行為在很大程度上是由其自身認識世界、處世的方式或方法決定的，也就是說，一個人的思想決定了他內心體驗和反應。 認知理論的出發點在於確認思想和信念是情緒狀態和行為表現的原因。
貝克論證說，抑鬱症病人往往由於做出邏輯判斷上的錯誤因而變成抑鬱、歪曲事情的含義而自我譴責；一件在通常情況下很小的事情（如濺出飲料）會被他看成生活已完全絕望的表現。因此抑鬱症病人總是對自己作出不合邏輯的推論，用自我貶低和自我責備的思想去解釋所有的事件。
貝克把人們在認知過程中常見的認知歪曲歸納為五種形式：
（1）任意推斷：即在證據缺乏或不充分時便草率地作出結論，如“我是無用的，因為我去買東西時商店已經關門了。”
（2）選擇性概括僅依據個別細節而不考慮其他情況便對整個事件作出結論，這是一種瞎子摸象式的、以偏概全的認知方式。如“單位中有許多不學無術的人在工作，這是我做領導的過錯。”
（3）過度引伸：或稱過度泛化，是指在單一事件的基礎上作出關於能力、操作或價值的普遍性結論，也就是說從一個瑣細事件出發引伸作出的結論。如“因為我不明白這個問題，所以我是一個愚蠢的人。”或“因為打碎了一隻碗，所以我不是一個好母親。”
（4）誇大或縮小：對客觀事件的意義作出歪曲的評價，如“因為偶然的開玩笑，並無惡意地撒了一次謊，於是認為完全喪失了誠意。”
（5）走極端的思維：即要麼全對，要麼全錯，病人往往把生活看成非黑即白的單色世界，沒有中間色。如沒有被聘為電視播音員，從而就產生：“我感到非常沮喪，因為沒有什麼地方再會聘用我了；我現在連整理房間的能力也沒有了，我成為一個無用的人了。”
一般認為，抑鬱病人的思維內容是以失落感為特徵的，對前途喪失信心，對工作喪失興趣，並有生理功能的喪失（如性功能、食欲、體重等）、病人往往以“負性認知傾向” 為其認知特徵，“他們往往把自己看成是被剝奪了的、失敗的或者是有缺陷的人；他們周圍的世界充滿了荊棘和艱難，幾乎沒有一絲成功的喜悅；他們的前途沒有一點自我滿足的希望，只有痛苦和挫折。”這些觀念被稱為抑鬱認知三聯征。
病人往往在認知範圍的大小、內容和本質上都有歪曲，形成的看法往往是固執和消極的。已經有許多實驗研究證實並支持認知理論的一些主要論點，如已經證實情緒抑鬱和非抑鬱病人之間在下列幾方面存在差異：對前途的期望、夢的內容、對想像情境的解釋、認知功能的問卷調查評分（如自主思維問卷ATQ）。認知指導技術也已經顯示對抑鬱心境以及消極思維等有心理矯正作用。 貝克的病理心理學認知模式已經廣泛用於對焦慮障礙、恐怖障礙、偏執狀態、藥物濫用、性功能障礙和神經性厭食的理論分析，所有這些分析都是根據貝克的下述理論假設：在資訊形成過程中產生的曲解和謬誤導致了情緒障礙的發生。
瑪律奈和阿恩考夫（1978年）歸納了目前認知學習理論家常用的三個基本觀點，對學習認知療法有重要的意義：
（1）人們的適應性或適應不良性行為和情感的類型是經過認知過程而產生的；
（2）這些認知過程可以被一定的“圖式”（貝克將不合邏輯的推論稱為圖式）所啟動；
（3）治療醫師的主要角色既是診斷者又是教育者。即評定適應不良性認知過程，安排一定的學習訓練任務、矯正認知、行為和情感的類型。