1、疼痛。是子宮內膜異位症最常見的症狀之一，以下腹及腰骶部疼痛最為明顯，常於月經來潮前1—2天開始，經期第一天最嚴重，以後逐漸減輕，但是隨著病期的延長，經期腹痛會更加明顯。
2、誘發卵巢腫瘤。卵巢是子宮內膜異位症最愛“居住”的場所，每當月經來潮，經血總會在卵巢存留，而且會越存越多，慢慢地包塊就不知不覺地形成了，隨著月經週期的變化，包塊可以時大時小。包塊裡面存積的血液漸漸增加，由於存積的血液日久變質，紅細胞被破壞，故當切開包塊時，所見的內容物酷似巧克力，這在醫學上稱為“巧克力囊腫”。
3、不孕。占子宮內膜異位症的40%-50%。子宮內膜異位症可使盆腔粘連、輸卵管堅硬甚至梗阻、激素的代謝功能異常及免疫功能異常，導致孕卵逆行與子宮內膜不同步，或使孕卵本身逆行受阻而發生不孕。
4、宮外孕。子宮內膜異位症可以引起盆腔粘連，輸卵管運行障礙，受精卵只有在局部種植發育，導致異位妊娠的概率增加。