新生兒甲亢屬甲亢症的特殊情況之一，臨床不多見。患者母親患有甲亢，或以往有甲亢或有陽性家族史以及慢性淋巴細胞性甲狀腺炎的發病者為多。輕症無需治療，可自行緩解；病情較重者，可影響新生兒的發育，應及時進行治療。
丙基硫氧嘧啶10毫克，每8小時1次口服，直至症狀減輕再減量。
普萘洛爾每天2毫克/千克體重，分3次口服。
用碘劑和抗甲狀腺藥物治療，口服複方碘溶液，每天1～3滴，甲巰咪唑每千克體重0.5~1.O毫克或丙基硫氧嘧定每千克體重5-10毫克，分3次口服。
有心力衰竭時，可用地高辛。成熟兒0.06毫克/千克體重，未成熟兒0.05毫克/千克（也有人認為0.02毫克/千克即可）。洋地黃最初給1/2量，其餘量每6～8小時，分2次各給1/4，維持量為總量的1/4，每天1次。地高辛量決定於臨床，心率130~140/分鐘為臨床有效。
新生兒甲亢最易發生心力衰竭，除用以上方法治療外，尚可用呋塞米1～2毫克/千克，靜脈注射，或每天每千體重3毫克口服，同時應注意低氯、低鈉和低血鉀症的發生
硫脲類藥物能通過乳汁分泌，對哺乳的新生兒的甲狀腺有抑制作用，哺乳期婦女如繼續服用硫脲類藥物時，不可哺乳新生兒，應人工餵養。
某些藥物：如乙胺碘酮等。