甲亢性眼病治療的目的是糾正甲狀腺功能及垂體-甲腺軸功能的異常，以改善和保護視力，減輕疼痛等不適，從而改善容顏。
局部治療：症狀相對輕的眼病患者，只需通過局部處理即可獲得滿意效果。如眼球乾燥、沙粒感，可給予人造眼淚，用0.5%的甲基纖維素。減輕眼瞼攣縮及凝視症狀，可用3％-10％的胍乙啶；或在睡眠時用人造軟膏及外科黏性膠帶，有助於睡眠時眼瞼閉合。如眼部不適主要由於角膜暴露、眼瞼攣縮、眼球突出所引起，暫時或長久的眼瞼縫合有助於改善症狀。輕度的眶周水腫可用利尿劑，並在睡眠時將床頭抬高。
總之，實施有效的局部治療可以緩解症狀，降低嚴重角膜，損害的危險。
免疫抑蝕劑。
①糖皮質激素：一般認為對於嚴重的炎症，短程大劑量可的松治療是有益的，它可改善細胞仲介的免疫反應，減少球後成纖維細胞葡糖胺聚糖的產生。
常規使用潑尼松60毫克/天，4周以後每週減少5毫克。用潑尼松龍80~100毫克/天。治療期諸如流淚、羞明、疼痛等症狀改善較快，而眼外肌功能恢復較慢，突眼症狀改善更慢；一般認為治療的效果與病程有關，對初發活動性炎症效果好，而長期眼部體征伴有廣泛纖維化者反應不良。
②其他免疫抑制劑：可使用環孢A和硫唑嘌呤，一般認為這些藥也僅可改善眼部不適及充血症狀，對眼外肌功能恢復及突眼效果不明顯。也有人將激素和環孢A合用，認為可減少激素用量，使患者容易接受。
眼部放療：眼部放療最近較為推崇，特別是直線加速器的使用，使放療的效果有很大改善。
血漿置換：血漿置換被認為是有希望清除免疫球蛋白、迴圈免疫複合物及其他對甲亢性眼病有作用的體液免疫因素，但由於費用昂貴，病例較少，其臨床療效尚難評估。
眼減壓治療：當患者視敏度明顯下降時應做有關檢查準確評價角膜暴露及視神經受累程度，一旦視神經受累，應推薦眶減壓術。