兒童再生障礙性貧血是一種嚴重危害兒童健康，甚至會對兒童生命造成威脅的疾病，而引起死亡的重要原因之一為感染，感染後患兒主要症狀為發熱，因此有效控制感染，減輕患者發熱是保證兒童再生障礙性貧血患者生命的關鍵。
對於已經發生感染或有感染危險的兒童，應進行保護性隔離，防止交叉感染，同時應加強其口腔及皮膚的護理，每天用漱口液漱口，每天清洗皮膚，並且大便後用消毒液清洗肛門。
以上措施可在一定程度上防止患兒再次進行感染，但是及時進行治療才是重中之重，對於那些感染後出現高熱、咽喉炎、口腔黏膜炎、肺炎等症狀的患兒，應及時進行廣譜抗生素的用藥治療，應選擇那些對致病菌有效病情不影響造血功能的藥物，如青黴素類、頭孢菌素類。
進行西藥治療的同時，還可輔以中藥治療，以從整體上對疾病進行控制，對高熱患兒，可選用犀角地黃東加減，其常用藥為水牛角、生地、白芍、丹皮、丹參、金銀花、連翹、白花蛇舌草、竹葉、生石膏等；而反復低熱者可選用左歸丸合二至丸加減，常用藥為生地、桑葚、枸杞子、何首烏、女貞子、旱蓮草、山藥等。