再生障礙性貧血患者由於多病因導致的骨髓造血功能低下，常伴有外周血白細胞計數減少，白細胞是人體抵禦外界病原菌的重要組織，白細胞減少會導致嚴重的感染。因此，再生障礙性貧血患者應做好防護，有感染跡象時應及時抗菌治療。
再生障礙性貧血患者日常要做好個人衛生，對白細胞缺乏者應盡可能入住無菌層流室，做好室內消毒，加強口腔和肛門的無菌護理，每日應用漱口水漱口以減少口腔感染的機會。患者進食的食物應注意清潔衛生，防止消化道感染，日常應多飲水，保持足夠的尿量沖刷尿道，防止泌尿系統感染。
感染的常見部位為呼吸道、消化道、皮膚黏膜及泌尿道，感染的細菌包括革蘭氏陰性菌、革蘭氏陽性菌，球菌、桿菌等，如大腸桿菌、肺炎球菌、綠膿桿菌、表皮葡萄球菌。局部感染會由於未能及時控制而擴展至全身，引發膿毒血症、敗血症等。部分患者還可能合併厭氧菌及真菌感染。再障患者出現感染跡象後應立即進行檢查，確定感染部位和病原菌。在未找到明確致病菌之前，可以經驗性選擇高效抗生素，以後再根據病原菌及藥敏試驗結果進行調整。患者應用抗生素應早期、足量、聯合，確保抗感染療效。